获取不同分区模板的基因表达矩阵 - 使用 abagen 工具箱的指南

简介

abagen 是一个功能强大的 Python 工具箱，用于处理 Allen 大脑图谱遗传数据。它提供了一种简便的方式来获取不同分区模板的基因表达矩阵，使研究人员能够在大脑的不同区域中研究基因表达的模式。本文将详细介绍如何使用 abagen 工具箱来获取不同分区模板的基因表达矩阵。

步骤

以下是使用 abagen 工具箱获取不同分区模板的基因表达矩阵的步骤：

1. 安装 abagen
   首先，确保您已经安装了 Python，并使用以下命令安装 abagen：

   pip install abagen
   ```
   
   

2. 下载分区模板数据
   abagen 需要使用分区模板数据来定义不同的大脑区域。您可以从 Allen 大脑图谱网站下载所需的分区模板数据。下载后，将其保存在您的工作目录中，以备后续使用。

3. 加载分区模板数据
   在 Python 中，使用以下代码加载您下载的分区模板数据：

   import abagen
   
   atlas = abagen.fetch_desikan_killiany