关于fmriprep配准参数

最新推荐文章于 2025-12-23 12:24:01 发布
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#笔记

fmriprep默认使用fsl bbr ，大部分时候效果可以，但是有些情况下效果很差。建议一直使用no bbr 去配准

fMRIPrep介绍
clancy_wu的博客
11-29 8570
fMRIPrep是融合了FSL, AFNI, freesurfer，ants的pipeline。DPABISurf就是调用了fMRIPrep的workflow，基本可以这么说，DPABISurf的预处理都是fMRIPrep工作的。 fMRIPrep的安装，可以看官网，https://fmriprep.org/en/stable/index.html 也可以看看下面博主写的内容： https://zhuanlan.zhihu.com/p/148115966 作者：QKmeans fMRIPrep的好处在于
关于fMRIPrep的CIFTI
weixin_46705717的博客
12-13 1332
是一个神经成像预处理工具，用于基于任务和静息状态的功能性 MRI（fMRI）的预处理。fMRIPrep的相关不过多赘述，这里主要介绍fMRIPrep的的输出。fMRIPrep 支持两种分辨率的输出，即 91K 和170K，两种的生成方式一样，只是fsLR的Surface标准空间不同，cifti-91K 对应的fsLR分辨率是32K（32492），cifti-170K对应的是fsLR 是59K（59292）。此文举例分析说明fMRIPrep的CIFTI输出，数据采用的是。
使用fMRIprep处理fMRI数据
m0_53623159的博客
06-29 2017
Docker 是一个开源的平台，用于开发、部署和运行应用程序。它允许您将应用程序及其所有依赖项打包到一个标准化的单元（称为容器）中，确保在任何环境中都可以一致地运行。可以使用 HeuDiConv 或 dcm2bids 将 DICOM 数据转换为 BIDS 格式。fMRIPrep 需要 BIDS（Brain Imaging Data Structure）格式的数据。fMRIPrep 生成的预处理结果将存储在您指定的输出目录中。将您的数据转换为 BIDS 格式。假设您的 BIDS 数据集路径为。
fmriprep安装和使用
m0_69749945的博客
06-03 3465
最大磁盘我选择的是20G，建议选择200G（后期要处理数据，数据一般处理后都很大，20G肯定不够用，后面再扩容的话浪费时间，干脆一次性分配多点，分配多少根据你实际的情况来定）。分配给虚拟机的内存选择2GB（如果电脑允许的情况下尽量给大一点，因为后面内存不足可能会导致使用fmriprep预处理不成功），点击下一步。再点击新的CD/DVD,选择使用ISO映像文件，点击浏览，选择你刚刚下载的centos镜像，选好后点击关闭。点击加号，选择挂载点/boot，选择200M（一般200M就够了） ，点击添加挂载点。
fMRI数据处理_预处理_3_批处理和结果解读
weixin_65744007的博客
11-28 3187
到目前我们已经完成了单个被试的处理，但是当我们有很多被试要处理的时候，可能每次修改一个参数运行比较麻烦，同时fmri-prep可能由于docker的原因不支持并行处理，所以我们可以通过写一个for循环的脚本实现对被试进行批量化处理
fMRI数据处理_预处理_1_fmriprep安装及其docker配置
weixin_65744007的博客
11-26 2975
ubuntu 安装fmriprep 进行fmri数据预处理_1_安装配置fmriprep
精选资源
fMRIPrep_output_processing:用于进一步处理fMRIPrep输出的脚本
04-27
2. **质控（Quality Control, QC）**：通过可视化和量化fMRIPrep输出的多个指标，如头部运动参数、信噪比（SNR）、各向异性分数（FA）等，评估预处理效果并确保数据质量。 3. **连接组学分析**：将处理后的功能连接...
fmriprep已经移出了ica参数
07-25
嗯，用户这次的问题很明确，是关于fMRIPrep移除ICA参数的原因和替代方案。从对话历史看，用户之前询问过AROMA模板支持的问题，现在转向了ICA相关功能的变更，说明ta可能在预处理流程中遇到了具体的技术障碍。 用户...
fmriprep-qc：轻松掌握fMRIPrep输出质量控制
fMRIPrep是目前在功能磁共振成像（fMRI）数据预处理领域广泛使用的一款工具，它基于BIDS（Brain Imaging Data Structure）标准，旨在简化预处理流程。fMRIPrep在处理大脑扫描数据时可以执行各种复杂的数据转换和校正...
fmriprep:fMRIPrep是用于预处理各种fMRI数据的强大且易于使用的管道。 透明的工作流程无需人工干预，从而确保结果的可重复性
04-28
fMRIPrep ：功能强大的fMRI预处理管道 该管道是由的开发的，可在以及开放源代码软件分发中使用。 关于 fMRIPrep是功能性磁共振成像（fMRI）数据预处理管道，旨在提供易于访问的最新接口，该接口可对扫描采集协议的变化进行鲁棒处理，并且需要最少的用户输入，同时提供易于理解的解释以及全面的错误和输出报告。 它执行基本的处理步骤（定心，归一化，不变形，噪声分量提取，分割，颅骨剥离等），提供可以轻松提交给各种组级别分析的输出，包括基于任务或静止状态的功能磁共振成像，图论测量，基于表面或体积的统计信息等。 笔记 fMRIPrep执行最少的预处理。 在这里，我们将“最小预处理”定义为运动校正，场扭曲，归一化，偏置场校正和脑提取。 有关更多详细信息，请参见的“。 fMRIPrep管道使用了知名软件包（包括FSL_ ， ANTs_ ， FreeSurfer_和AFNI_）中的工具组合
liugroup服务器说明
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锦小年的博客
12-29 1万+
1. 硬件配置 处理器是两颗10核20线程处理器，可用线程数为40。 数据硬盘由8块8T硬盘（4块原装，4块购买1）组成的RAID5，总共可用空间50T。 2. 系统说明 系统版本：centos 7.5（core 4.4-lt） 3. 软件说明 3.1 已安装软件 Software Version Software Version AFNI 18.3.11 FSL 6.0.0...
实现在win10上安装fmriprep
qq_42698411的博客
01-01 4475
详细的新手实现fmriprep在win下的安装
fMRI数据处理软件一览
Iris_bysshqx17的博客
08-15 5334
SPM 官网：https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/ AFNI 官网：https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/download_links.html#download-current-precompiled-afni-binaries FSL 官网：https://fsl.fm...
fmriprep环境配置
Iris_bysshqx17的博客
08-19 1614
按照官网上的说法，fmriprep的使用有以下四种路径： OpenNeuro.org Docker Container Singularity Container Manually Prepared Environment (Python 3.5+) 第一个网站打不开，遂放弃。第二和第三由于不懂Container是什么，遂放弃。于是只好选择学过皮毛的python。这一途径按照官网的说法是不推荐...
Javaweb 学习笔记——html+css
hssfscv的博客
12-18 923
以上是Javaweb中关于前端html和css的相关内容，主要制作了两个页面，了解了如何使用AI生成我们需要的内容，有利于了解前端知识，接下来将进行剩余前端知识的学习
【学习笔记】安全模型
tpriwwq的专栏
12-22 458
安全模型是指描述安全重要方面（机密性，完整性等）及其与系统行为的关系（允许/拒绝访问、加密/解密数据等）的框架。
大模型微调（学习笔记一）
最新发布
weixin_51590845的博客
12-23 319
指的在已有的大规模预训练模型基础上，通过对标注数据进行训练，进一步优化模型的表现，以适应特定任务或场景的需求。我们必须小心谨慎的设计模型微调数据集和微调训练流程，并经过反复多次训练验证，得到一个最佳模型。参数高效微调 (PEFT, Parameter-Efficient Fine-tuning)尽管模型微调能够通过修改模型参数的方式，永久的修改模型的能力，但这其实是。第一类方法:借助OpenAI提供的在线微调工具进行微调;（提前安装好hugging face包），如果处理不当，很可能造成模型原始能力的。
【算法笔记】AC自动机
u012559967的专栏
12-19 730
AC自动机: AC自动机是一种高效的多模式字符串匹配算法，它巧妙地将 Trie树的字典结构与 KMP算法的失配指针思想相结合，能同时在一段文本中查找多个模式串的所有出现位置，广泛应用于敏感词过滤、生物信息学序列分析等领域。在字符串匹配领域，我们会遇到两类问题：单模式匹配：给定一个文本字符串和一个模式字符串，判断模式字符串是否出现在文本字符串中。《【算法笔记】KMP算法》多模式匹配：给定一个文本字符串和多个模式字符串，判断所有模式字符串是否出现在文本字符串中。解决方案：AC自动机算法。
第四节：Cmake常用语法核心笔记
m0_70403090的博客
12-23 146
本文总结了CMake常用语法的核心知识点，包括6大板块：1)打印调试message命令的使用；2)变量系统(set)及其作用域规则；3)逻辑判断if语句的多种用法；4)循环结构foreach的常见模式；5)列表操作list命令；6)函数function定义与返回值处理。重点解析了变量作用域、缓存变量、函数返回值PARENT_SCOPE等易错点，并提供了避坑指南，如分号分隔符、变量引用规范等。全文通过代码示例和对比表格，帮助开发者快速掌握CMake脚本编写技巧。
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