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http://zh.wikipedia.org/wiki/C99#C99

增强了预处理功能。例如：
- 宏支持取可变参数 #define Macro(...) __VA_ARGS__
- 使用宏的时候，允许省略参数，被省略的参数会被扩展成空串。
- 支持 // 开头的单行注释（这个特性实际上在C89的很多编译器上已经被支持了）
增加了新关键字 restrict, inline, _Complex, _Imaginary, _Bool
- 支持 long long, long double _Complex, float _Complex 等类型
支持不定长的数组，即数组长度可以在运行时决定，比如利用变量作为数组长度。声明时使用 int a[var] 的形式。不过考虑到效率和实现，不定长数组不能用在全局，或 struct 与 union 里。
变量声明不必放在语句块的开头，for 语句提倡写成 for(int i=0;i<100;++i) 的形式，即i 只在 for 语句块内部有效。
允许采用（type_name）{xx,xx,xx} 类似于 C++ 的构造函数的形式构造匿名的结构体。
初始化结构的时候允许对特定的元素赋值，形式为：
格式化字符串中，利用 \u 支持 unicode 的字符。
支持 16 进制的浮点数的描述。
printf scanf 的格式化串增加了对 long long int 类型的支持。
浮点数的内部数据描述支持了新标准，可以使用 #pragma 编译器指令指定。
除了已有的 __line__ __file__ 以外，增加了 __func__ 得到当前的函数名。
允许编译器化简非常数的表达式。
修改了 / % 处理负数时的定义，这样可以给出明确的结果，例如在C89中-22 / 7 = -3, -22 % 7 = -1，也可以-22 / 7= -4, -22 % 7 = 6。而C99中明确为 -22 / 7 = -3, -22 % 7 = -1，只有一种结果。
取消了函数返回类型默认为 int 的规定。
允许 struct 定义的最后一个数组不指定其长度，写做 [](flexible array member)。
const const int i 将被当作 const int i 处理。
增加和修改了一些标准头文件，比如定义 bool 的 <stdbool.h> ，定义一些标准长度的 int 的 <inttypes.h> ，定义复数的 <complex.h> ，定义宽字符的 <wctype.h> ，类似于泛型的数学函数 <tgmath.h>，浮点数相关的 <fenv.h>。在<stdarg.h> 增加了 va_copy 用于复制 ... 的参数。里增加了 struct tmx ，对 struct tm 做了扩展。
输入输出对宽字符以及长整数等做了相应的支持。