KEGG数据库的使用

B站up _Willow_Liu

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

KEGG数据库的基本构成

整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库

大致分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四大类

查询代谢途径、酶、基因、产物等，BLAST查询未知序列的代谢途径信息

常用子数据库

PATHWAY(代谢途径数据库) 查询各种代谢途径

BRITE(代谢通路及同源基因数据库) 查询酶和底物之间的关系，查询某种酶的同源基因

GENES(基因数据库) 查询不同的基因或基因组的信息

LIGAND(配体数据库) 查询反映猴子那个各种化合物的信息

KEGG Organisms列出各物种的代码、KEGG使用三个英文小写字母代表各个物种

PATHWAY基本使用

查询各种代谢途径

KEGG-->KEGG PATHWAY-->Carbohydrate

红色方框--反应中的酶

红色椭圆--反应中的化合物

箭头--反应的方向

虚线--此反应可通过中间产物与其他途径发生联系

选择菜单 中 Animals--Mammals--hsa Homo sapiens(human)

绿色框代表物种含有这种酶；点击该框弹出新的表单

BRITE数据库基本使用

用BRITE中的KO数据库查询某一基因的同源基因

例如查询柠檬酸合酶(gltA)的同源基因

1)进入BRITE数据库

2)点击Genes and proteins

3)在出现的页面上选择KEGG orthology(KO)

4)在左侧Search菜单栏输入gltA

 

注意：基因的KO groups，KO是同源基因的分组，所以一个KO group包含不同代谢途径的多个基因。点击KO序号，即可查看此类同源基因

GENES数据库基本使用

查询不同的基因或基因组的信息

例如查询人类柠檬酸盐合成酶(gltA)基因具体信息

LIGAND数据库基本使用

查询化合物、化学反应或参与反应的酶

包含4个相关的子数据库

 

例如，查询数据库中Pyruvate(丙酮酸盐)信息

compound(复合物)中

 

reaction中

例如，人类的由Citrate到Acetyl-CoA的可能步骤

预测联系两种化合物的可能的反应途径

reaction中的反应路径搜索和预测中pathPred -->pathComp

 

再按compute按钮

校准为库中的物质及编号 再按Compute按钮

人类由Citrate到Acetyl-CoA的所有可能步骤

使用KEGG数据库对酶基因进行注释

作业

KEGG中查找MAPK信号通路(MAPK signaling pathway),简述其相关的生理功能，同时找出拟南芥中与植物激素相关的MAPK信号转导通路