快速获取想要的基因序列(批量)+后续blast

本文介绍了一种从生物信息数据库中提取特定基因位置信息的方法,并通过一系列工具如ensemblbiomart、bedtools和blast进行基因序列的获取与比对分析。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

第一步:获取基因的位置信息
tool : ensembl biomart
url : website of biomart
获取的信息需要包括基因名,起始,终止,染色体,正负链,注意:此处的正负链需要转为bedtools可以识别的- +
第二步:获取你感兴趣的基因位置
R merge即可
第三步:使用bedtools 获取fasta file of genes you are interested
第四步:blast

先做记录,后续编为一个脚本实现

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值