记录---转录组unigene结果分析（无参考）

转录组unigene表达结果，依据亚细胞定位再分析（无参考RNA-seq）

我们有一个几年前无参考转录组分析unigene的表达量结果，该转录组实验有两个处理（0 hour heat 和 6 hour heat treatment），想要从中查看铜相关基因在两个处理下的累积表达量情况，表达量分类是依据预测的亚细胞定位建立的。方便记录，具体操作步骤如下：

1. balstx寻找与已知铜蛋白比对率高的unigene序列

（1）已知两个文件

unigene.fasta （unigene DNA fasta）
RNA_unigene_res.txt （unigene gene count table）

（2）依据文献提取拟南芥相关蛋白序列

依据文章中检测到的拟南芥铜相关基因（附件中），使用拟南芥蛋白序列Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa，提取对应蛋白序列：
The PCY-SAG14 phytocyanin module regulated by PIFs and miR408 promotes dark-induced leaf senescence in Arabidopsis

据此得到蛋白序列：
f07.tair10.copper.genelist.fasta

（3）运行blastx

使用BLAST 2.2.29+软件（BLAST+），首先用已知蛋白序列建库，然后用unigene.fasta比对：

makeblastdb -in ./f07.tair10.copper.genelist.fasta  -dbtype prot -out unigenedb -parse_seqids
blastx -query ./unigene.fasta -db unigenedb -out unigene.blastx.Tair10.res.blast\
 -evalue 1e-10  -num_threads 50 -outfmt 6

输出结果共有4713行：

4713 unigene.blastx.Tair10.res.blast

以identity 65%为阈值，只保留identity大于等于65%的比对结果，得到文件（111个基因）：

111 f08.iden65.unigene.txt

根据unigene.fasta提取得到111个基因的DNA序列：

f09.iden65.