用Python代码批量处理CP2K动力学计算结果坐标文件(适合数万个分子坐标的批处理)

已于 2022-02-24 02:29:56 修改
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分类专栏： 计算化学 文章标签： python
于 2022-01-11 21:50:58 首次发布
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/carlos_zhao/article/details/122441711

        文件中特定几个原子与分子上其它特定基团原子的距离中，筛选最短距离，比如统计在动力学计算中π-π堆叠的最近距离变化趋势等，代码适合计算化学相关领域人士阅读，该脚本可以极大提高处理具有重复单元的大文件工作效率。

        通过CP2K计算的分子动力学结果文件，目的是处理输出的坐标文件（不限于坐标文件，比如电荷、波函数、电子密度等处理，简单说就是用于处理一切重复单元的大文本文件）：以下是CP2K输出的坐标格式：

     264    #代表该分子一共有264个原子
 i =        0, time =        0.000, E =     -1160.0125578143
  C         0.2735850000       -0.6444650000        1.1989000000
  C         0.3315750000       -1.2866760000       -0.0478340000
  C         0.3846740000       -0.5264920000       -1.2236550000
  C         0.3781830000        0.8688520000       -1.1513490000
  C         0.3324160000        1.5148140000        0.0937970000
  C         0.2842230000        0.7597060000        1.2700470000
  C         0.2168310000     &n

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