该文章是首篇系统综述大型语言模型(LLMs)在虚拟细胞研究中应用的文献,核心在于构建统一分类框架并梳理核心任务与挑战,为AI驱动的虚拟细胞发展提供清晰路线图。

一、文章主要内容总结
文章围绕“LLMs如何推动虚拟细胞发展”展开,整体结构分为核心定义、方法分类、任务拆解、挑战与展望四部分,具体如下:
- 核心背景与定义
- 虚拟细胞:指在计算机中模拟细胞结构、功能与动态变化的计算系统,可加速药物研发、实现个性化医疗,但传统建模受限于知识不全与数据稀疏。
- LLMs的价值:凭借大规模数据处理能力,可直接学习核苷酸、转录组等生物数据特征,解决传统虚拟细胞建模的瓶颈,成为当前研究核心驱动力。
- LLMs应用的两大核心范式
- LLMs作为“预言机(Oracle)”:直接建模细胞内部状态与动态,无需依赖外部工具。包括6类应用方向,具体如下表:
| 应用方向 | 核心任务 | 代表模型 |
|----------------|------------------------------------------|-----------------------------------------------|
| 核苷酸建模 | 预测染色质状态
- LLMs作为“预言机(Oracle)”:直接建模细胞内部状态与动态,无需依赖外部工具。包括6类应用方向,具体如下表:

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