23、探索糖组学在干细胞发育中的作用及新型蛋白质表示方法

探索糖组学在干细胞发育中的作用及新型蛋白质表示方法

1. 糖组学与干细胞发育网络分析

在研究干细胞发育中糖组学的作用时，我们首先关注网络分析的相关内容。在网络聚类过程中，原始矩阵的节点在聚类后可能会附着到不同的社区。不过，如果所研究的系统非常稳定，无论添加多少噪声，节点往往会与相同的社区聚类在一起。我们可以通过分析熵随聚类参数 (r) 的变化来研究不同社区的稳定性，因为随着 (r) 的增加，网络会逐渐分解为越来越分离的聚类。

网络的性质可以通过各种统计指标来评估，常见的指标如下：
- 连通性分布 (P(k)) ：与连通性为 (k) 的节点数量成正比。
- 图密度 ：反映图中边的密集程度。
- 直径 ：图中任意两个节点之间的最长最短路径长度。
- 传递性 ：衡量节点之间的传递关系。

这些指标可以在聚类过程之前和期间进行评估，它们可能为不同疾病状态下网络拓扑结构的差异提供有趣的见解。

为了可视化网络，我们使用了 Visone 社交网络可视化工具（http://visone.info/）。该工具可以组织、标记感兴趣的节点，并计算网络的各种属性，如度、径向性、权威性、枢纽性等。节点使用原始的制造商 ID 进行标记。

2. 基因激活模式分析

我们旨在分析野生型和扰动状态下基因激活模式的网络结构。通过 FANOVA 分析，我们得到了两个时间段（6h - 20h 和 20h - 24h）的 p 值分布，这些分布遵循两个幂律。