17、大规模调控网络的整理与蛋白质展开模拟中的空间聚类

大规模调控网络的整理与蛋白质展开模拟中的空间聚类

大规模调控网络的整理

在生物学研究中，大规模调控网络的一致性检查和预测是一项重要任务。计算大规模定性约束系统的可满足性是一个NP完全问题，经典的解决方法难以应对这类问题。因此，采用了基于二进制决策图的高效表示方法，并使用Python库Pyquali来计算大规模定性约束系统的一致性。

一致性检查流程

• 输入数据 ：接收定性影响网络和一组定性浓度变化。
• 构建约束系统 ：根据初始数据构建数学约束系统。
• 一致性分析 ：使用Pyquali分析约束系统的一致性。
• 结果处理 ：
  • 系统一致 ：预测新的浓度变化，与其他实验比较后可能生成新的输入，也可能添加影响网络中的新节点和边。
  • 系统不一致 ：通过查阅文献或实验结果纠正影响网络。

下面是一致性检查流程的mermaid流程图：

graph LR
    A[输入定性影响网络和浓度变化] --> B[构建数学约束系统]
    B --> C[使用Pyquali分析一致性]
    C -->|一致| D[预测新浓度变化]
    D --> E[与实验比较]