医学图像分割结果渲染展示和 DICOM SEG保存

原创

已于 2024-06-11 12:02:13 修改 · 741 阅读

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#图像处理 #numpy #人工智能 #深度学习 #前端

于 2024-06-11 12:01:25 首次发布

看缺少渲染展示的简单方法以及没有找到DICOM SEG保存的民间教程，自己写一个，仅供参考

渲染展示

这是只对骨节的渲染展示

使用的是vtk库，自行下载合适版本即可

conda install -c clinicalgraphics vtk=7.1.0

直接贴代码

import vtk
import numpy as np
import SimpleITK as sitk
# 读取NIfTI文件
file_path =  r'……'

image = sitk.ReadImage(file_path)
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)

# dcmdata ,se = read_dcms(dcm_path)

# 创建一个vtkImageData对象
vtk_image = vtk.vtkImageData()
vtk_image.SetDimensions(512,512,220)
vtk_image.AllocateScalars(vtk.VTK_UNSIGNED_CHAR, 1)

# 将SimpleITK数组的数据复制到vtkImageData对象中
for z in range(image_array.shape[0]):
    for y in range(image_array.shape[1]):
        for x in range(image_array.shape[2]):
            vtk_image.SetScalarComponentFromDouble(x, y, z, 0, image_array[z, y, x])

# 创建一个vtkColorTransferFunction对象，用于设置不同标签