9、Infobiotics Workbench：计算系统的虚拟软件套件

Infobiotics Workbench：计算系统的虚拟软件套件

在生物系统的研究中，借助计算机进行建模和分析变得越来越重要。Infobiotics Workbench（IBW）就是这样一款基于随机P系统模型构建的集成软件套件，为生物系统的研究提供了强大的支持。

1. 随机P系统

在IBW中，每个细胞由随机P系统（SP系统）表示。SP系统是P系统的概率变体，其语义由以下元组给出：
[SP = (O, L, \mu, M_1, \ldots, M_n, R_1, \ldots, R_n)]
其中：
- (O) 是一个有限的对象集合，指定系统的组成实体，如基因、RNA、蛋白质等。
- (L = {l_1, \ldots, l_n}) 是一个有限的标签集合，用于命名隔室，如细胞、细胞核、细胞质等。
- (\mu) 是一个包含 (n \geq 1) 个膜的膜结构，定义区域或隔室。
- (M_i = (l_i, w_i, s_i))（(1 \leq i \leq n)）是膜 (i) 的初始配置，其中 (l_i \in L) 是膜标签，(w_i \in O^*) 是有限的对象多重集，(s_i) 是 (O) 上的有限字符串集合。
- (R_{l_k} = {r_{l_k}^1, \ldots, r_{l_k}^{m_{l_k}}})（(1 \leq k \leq n)）是一组多重集重写规则，描述分子相互作用，如复合物形成和基因调控。重写规则定义为：
[r_{l_k}^i: o_1 [ o_2 ] l^{c {l_k}^i} \to o_1’ [ o_2’ ] l]
其中 (o_1, o_2)