Bio-IT

<br />我的一篇文章在线发表了，IF=4.3，影响因子不高也不低吧，只能这么说了。<br /><br /><br />题目：Discovering Cooperative Relationships of Chromatin Modifications in Human T Cells Based on a Proposed Closeness Measure<br /> 链接： http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.

http://player.youku.com/player.php/sid/XMTkxMTA2NjY0/v.swf

General workfloweXpress是一个通用的丰度估计工具，它可以应用于任意靶序列和高通量测序reads。 靶序列可以是任意基因组区域，例如RNA-seq中的转录本。因此，一般的流程应该是这样的：1. 选择你要分析的数据2. 产生靶序列的集合3.将目的片段比对到靶序列上4. eXpress需要的参数包括目的片段，然后进行靶序列的丰度估计5. 额外的下游分析

R简介基于R体系下的Bioconductor项目为用户提供了整体解决方案。R的编程比较简单。不像Java、C等那么难学。但灵活性太强了，有时候反而觉得不易掌握。R最强大的地方就是它的统计计算功能，这可以从数据结构和算法两方面来说。首先，它的许多数据结构都是为数据处理的需要而设计的。例如其中有一个叫做data.frame的数据类型，它本质上就是一张二维表，每一行是一条记录，每

你将从这里发现一些有用的UNIX命令，它们将会是你探索下一代测序数据的有力支撑。此外，从这里你还可以发现更多更有用的命令.直接在命令行处敲这些命令将会详细介绍它们.clear or Ctrl-l: clear screen上下箭头键可以用来浏览之前用过的命令Ctrl-r 搜索使用过的命令的历史## Ctrl-r opens this query

环境：Ubuntu 12.04 amd64安装Mysql数据库。sudo apt-get install mysql-server mysql-client libdbd-mysql-perl libmysqlclient-dev新建一个用户。mysql –u 用户名 –p 密码create user 'user'@'localhost' identified by 'P

环境：CentOS 6.5因为CentOS默认需要python2.7，所以先安装python2.7。方法参考：./configure --prefix=/usr/local make && make altinstall因为yum依赖于python2.6，所以需要altinstall。https://www.digitalocean.com/commun

ABS:Annotated regulatory binding sites from orthologous promoters:http://genome.imim.es/datasets/abs2005/abs.htmlACTIVITY:Functional DNA/RNA site activity:http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/systems/a