python：PyMOL 使用教程 及实用示例

安装参阅：开源版PyMol安装保姆级教程

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简介: PyMOL是一个Python增强的分子图形工具。它擅长蛋白质、小分子、密度、表面和轨迹的3D可视化。它还包括分子编辑、射线追踪和动画。
PyMol的名字来源于“Py”表示该软件基于Python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

先从 www.python.org 下载 python-3.11.9-amd64.exe
在 Win 10 上安装在 D:\Python311
cd D:\Python311
python.exe -m pip install --upgrade pip

pip install \pyMol\numpy-1.22.4+mkl-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
pip install \pyMol\pymol-2.6.0a0-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\pymol_launcher-2.5-cp311-cp311-win_amd64.whl

D:\Python311> pip install pyqt5
Successfully installed PyQt5-Qt5-5.15.2 PyQt5-sip-12.17.0 pyqt5-5.15.11

安装成功之后 PyMOL.exe 在 D:\Python311\，右键点击发送到桌面快捷即可。

PyMOL 使用教程（实用示例）

PyMOL 是专业的分子可视化软件，广泛应用于结构生物学、药物设计等领域。本教程涵盖基础操作到高级技巧，并提供可直接运行的代码示例。

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一、基础操作

1. 启动与界面

• 图形窗口：3D分子显示区
• 命令行窗口：输入指令（PyMOL> 前缀）
• 对象列表：管理加载的分子
• 显示控制面板：调整渲染效果

2. 视图控制

# 鼠标操作：
# - 左键拖动：旋转
# - 滚轮拖动：平移
# - 右键拖动：缩放

# 命令行操作：
reset          # 重置视图
zoom all       # 完整显示分子
orient         # 自动最佳视角

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二、分子加载与显示

示例1：从PDB数据库加载蛋白质

fetch 1TIM     # 加载TIM桶蛋白
show cartoon   # 显示卡通图
color green    # 整体着色

示例2：本地文件加载

load r"D:\Python311\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\test\dat\ligs3d.sdf"

load my_ligand.sdf  # 加载配体分子
show sticks         # 棍棒模型
util.cbag           # 按原子元素着色(C:青,N:蓝,O:红)

示例3：多对象管理

load protein