开源版 PyMOL 如何绘制 Galidesivir 分子结构？-优快云博客

pip show pymol
简介: PyMOL是一个Python增强的分子图形工具。它擅长蛋白质、小分子、密度、表面和轨迹的3D可视化。它还包括分子编辑、射线追踪和动画。

先从 www.python.org 下载 python-3.11.9-amd64.exe
在 Win 10 上安装在 D:\Python311
cd D:\Python311
python.exe -m pip install --upgrade pip

pip install \pyMol\numpy-1.22.4+mkl-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
pip install \pyMol\pymol-2.6.0a0-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\pymol_launcher-2.5-cp311-cp311-win_amd64.whl

D:\Python311> pip install pyqt5
Successfully installed PyQt5-Qt5-5.15.2 PyQt5-sip-12.17.0 pyqt5-5.15.11

安装成功之后 PyMOL.exe 在 D:\Python311\，右键点击发送到桌面快捷即可。
PyMOL

PyMOL 如何绘制 galidesivir 分子结构？

要在 PyMOL 中绘制 galidesivir（一种抗病毒核苷类似物）的分子结构，可以按照以下步骤操作：

方法 1：从 PubChem 直接加载（推荐）

获取 PubChem CID
Galidesivir 的 PubChem CID 是 135565784（可通过 PubChem 页面确认）。
在 PyMOL 中执行命令
打开 PyMOL，在命令输入栏运行：
```
fetch 135565784, type=sdf, async=0
```
- fetch：从在线数据库下载结构
- type=sdf：指定文件格式为 SDF（PubChem 的默认小分子格式）
- async=0：同步加载（等待下载完成）

优化显示效果
加载后执行以下命令优化显示：

# 显示球棍模型
show sticks
show spheres

# 调整样式
set stick_radius, 0.1
set sphere_scale, 0.2

# 按原子类型着色
util.cbag

# 添加背景和标签
bg white
set label_size, 20

Download_3D

方法 2：手动导入结构文件

下载结构文件
- 访问 Galidesivir 的 PubChem 页面
- 点击 “Download” → 选择 SDF 或 PDB 格式保存（如 galidesivir.sdf）。

在 PyMOL 中导入文件

# 加载文件
load /path/to/galidesivir.sdf

# 或使用图形界面：
# File → Open → 选择下载的文件

调整显示样式（同方法 1 步骤 3）

方法 3：使用 SMILES 字符串构建

获取 SMILES 字符串
Galidesivir 的 SMILES：

C[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1N2C=NC3=C2N=CN=C3N)COP(=O)(O)O

在 PyMOL 中生成结构
运行以下脚本：

# 生成分子对象
smiles = "C[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1N2C=NC3=C2N=CN=C3N)COP(=O)(O)O"
cmd.create("galidesivir", smiles)

# 优化几何结构（可选）
cmd.clean("galidesivir")

# 显示样式
show sticks, galidesivir
util.cbag