Biopython：生物信息学的数据分析工具

pip install biopython
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Biopython 是一个为生物信息学和计算生物学应用而设计的 python工具箱。它包含了一系列用于处理生物数据的模块，例如序列分析、结构分析、进化分析等。

以下是使用Biopython进行分子生物学研究的一些常见示例：

1.1 使用Biopython读取序列文件

Biopython可以用来读取序列文件，如FASTA，GenBank等。以下是一个示例代码，展示如何使用Biopython读取FASTA文件：

from Bio import SeqIO
 
# 读取FASTA文件
records = SeqIO.parse("example.fasta", "fasta")
 
# 打印每条序列的信息
for record in records:
    print(record.id)
    print(record.seq)

1. 2 使用Biopython进行序列对比

Biopython的Bio.Align模块可以用于序列比对，以下是一个示例代码，展示如何使用Biopython的ClustalW命令行工具进行序列比对：

from Bio import AlignIO
from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
 
# 创建一个ClustalW命令行对象
cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="input.fasta")
 
# 运行ClustalW命令行
stdout, stderr = cline()
 
# 读取比对结果
alignment = AlignIO.read(stdout, "clustal")
 
# 打印每条序列