Python: Biopython

最新推荐文章于 2025-11-16 23:46:35 发布

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本文介绍Biopython库的安装与使用，演示如何利用Biopython进行DNA序列的操作，包括序列读取、解析及匹配提取等核心功能。通过具体代码示例，帮助读者快速上手生物信息学的编程实践。

Python3.8

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Python

Python 是一种高级、解释型、通用的编程语言，以其简洁易读的语法而闻名，适用于广泛的应用，包括Web开发、数据分析、人工智能和自动化脚本

Biopython Introduction

pip install biopython
conda install biopython

Quick Start

from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio import SeqIO

my_seq = Seq("AGTACACTGGT")
# 输入输出
SeqIO.read("ORF.faa","fasta") #sigal
SeqIO.parse("ls_orchid.fasta", "fasta") #multi
SeqIO.write("w_ORF.faa","fasta")

Tips

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord

def extra_match(genome_sequence, match_sequence):
    '''提取序列'''
    print(match_sequence)
    uniq_in_191_store = []
    for i in SeqIO.parse(genome_sequence,'fasta'):
        for j in match_sequence:
            if i.name.upper() == str(j).upper():
                print(i.name)
                uniq_in_191_store.append(SeqRecord(id=i.id,\
                                                    seq=i.seq ,\
                                                        description=i.description))
    SeqIO.write(uniq_in_191_store,'result.ffn','fasta')
    return None

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