现在比较准确,比较流行的RNA二级结构预测软件就是Vienna RNA。
我也是在使用这个软件进行大规模数据的二级结构预测。
可是现在在网上找到的资料,很少有能够清楚地写明在linux本地大型机中怎么运行Vienna RNA的傻瓜教程,包括Vienna RNA webserver的官网,其说明也不是很详细。
在附件中,我给出了 Current Protocols in Bioinformatics这本书中,给出的详细运行方法,这一章叫做RNA Secondary Structure Analysis Using the Vienna RNA Package。
说得很基础,有更进一步应用需求的人可以在其官网上查阅详细用法。地址http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/
本文介绍了一款流行的RNA二级结构预测软件ViennaRNA,并提供了详细的安装与使用教程。该软件适用于Linux本地大型机环境,对于有进一步需求的用户,文章也提供了官方网站的链接以获取更多帮助。
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