BBka要黑化！

生物信息_Call_snp_by_soapsnp_外显子  数据：人外显子（5.6G左右，两个gz文件，Agilent 50M，pe测序，90读长）方法：call_snp_by_soapsnp每步估计需要投多大（仅作参考）：SOAP（也就是Soapaligner，5.6G）：从两个fq.gz到分染色体之后的.soap注：SOAP这步输入文件有一个chrOrder，要

casecontrolrisk->Gac Tbd odds ratio=(a/b)/(c/d)Likelihood ratio=(a/(a+b))/(c/(c+d))Likelihood ratio也就是LR，LR越大，case与contr

生物信息_SOAPalign_参数设置_例子 跑SOAPalign之前要建库/dir/2bwt-builder 注：会得到一堆的.index文件，.index指代建库产生的一系列文件跑SOAPalign例：/dir/SOAP -D .index -t -l 35 -v 4 -m 28 -x 481 -g 1 -p 4 –a pe_1.fq.gz -b pe_2.fq.g

生物信息_SOAPsnp_参数设置_例子 跑SOAPsnp：例：/dir/SOAPsnp -i /dir/SOAP_output/pe.soap.sort -d /dir/ref_index/sequence1 -o /dir/SOAPsnp_output/out1.cns -M /dir/SOAPsnp_output/matrix1.mat -L 90 2>/dir/SOAP

生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组 数据：人全基因组（100多G，两个gz文件，已去接头，pe测序，90读长）方法：call_snp_by_soapsnp每步估计需要投多大（仅作参考）：Bwa（13G）：从两个clean.fq.gz到两个.sai再到一个.sam注：在生成完sam之后检查有没有报错，没有就可以把.sai删掉。Get_uni

生物信息_Blast比对_blast 先对ref建库/bin/formatdb -i /dir/ref.fa -p F -o进行blast比对，输出是m8格式，具体很多参数，参看《常用生物数据分析软件》/bin/blastall -i input.fa -d /dir/ref.fa -o blast.out -p blastn -m 8

生物信息_Exon_CDS的区别http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=29552"Exon" refers to transcription and "CDS" to translation.Exon 包括UTR（Untranslated Region）和CDS（Coding DNA Sequence）。

生物信息_MAF_Minor_Allele_FrequencyMinor allele frequency (MAF) refers to the frequency at which the least common allele occurs in a given population.SNPs with a minor allele frequency o