老板布置的合作任务,记录下建模过程
一、金刚石建模
先用MS构建金刚石的模型,可以参考这个链接:
Materials Studio官方教程(Help-Tutorials)- 计算金刚石的性质
导入:Import —> 打开Import Document对话框,导航至Examples\Documents\3D Model并双击C.msi
修改对称性(金刚石的对称性更改为P1):Build —> Symmetry —> Make P1
片层金刚石构建:(10nm*10nm*4层原子)
根据边长(3.56679A*3.56679A*3.56679A)扩胞,supercell(28*28*1)
球体金刚石构建:(半径是20A)
首先扩胞,supercell(15*15*15)
Build —> Build nanostructure —> Nanocluster —> sphere —> 20A —> Build
二、增加力场
参考过去的帖子:
在MS里分配完力场后,导出car文件
去Linux里找:
/home/ylwang/bin/package/lammps-stable_12Dec2018/tools/msi2lmp/src
可以将前面得到的两个建模文件如:slab-cvff.car和slab-cvff.mdf两个文件拷贝到上面msi2lmp.exe所在的文件夹下,运行(具体原因可以去看/tools/msi2lmp下的README文件):
注意cvff.frc的路径要正确,此外graph不要带有.car和.mdf后缀

./msi2lmp.exe ./slab-cvff -p 1 -c 1 -frc ../frc_files/cvff.frc -i -n
./msi2lmp.exe ./Nanocluster-cvff -p 1 -c 1 -frc ../frc_files/cvff.frc -i -n
下载data文件
sz Nanocluster-cvff.data slab-cvff.data
三、修改data文件
根据老板给的案例,理解,修改该体系
原:

现:

由于要使用metal单位制(之前是real),因此很多信息的数值格式需要注意
力场使用自带的CH.airebo-m,拷到要运行的文件夹里
/home/ylwang/bin/package/lammps-stable_12Dec2018/potentials
四、修改input文件


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