7.12.2008

 

PROFphd

1、 分割文件 split.cpp

#include <iostream> #include <string> #include <fstream> #include <stdio.h> #include <string.h> #include <math.h> #include   <sstream>   using namespace std;   int main() {     int name_num=0;             ifstream infile("name_protein.txt");   //输入文件     string line;         ostringstream filename;                       //用来存储名字             FILE *ofile;         while(getline(infile,line))         {           if(line[0]=='>')               {               name_num++;             filename<<name_num;             ofile=fopen(filename.str().c_str(),"w"); //打开文件 文件命名为1、2、3等             fprintf(ofile,"%s",line.c_str());             fprintf(ofile,"/n");               }               else               {             fprintf(ofile,"%s",line.c_str());             fclose(ofile);             filename.str("");                         //free ofile;         }      }      free(ofile); }

运行成功后，生成乐16623个文件，在linux下可用下述命令统计文件数

 

ls -l ./split|wc –l    ##./split为存储所分割的文件的文件夹

 

2、 多序列预测

成功了！！！！！

mul_2.sh

#!/bin/bash #dys   for ((i=1;i<=11;i++)) do ../../prof ./$i fileRdb="$i.out" sec //输入文件为"$i" , 输出为："$i.out" done

注：文件目录为

--prof-tmp

 --prof

    --prof (可执行文件)

--e

 --split

    --mul_2.sh (多序列预测)

 

运行：

nohup sh ./mul_2.sh &

 

查看结果：

ls –l ./split >result   或者 vim ./split/*.out

 

 

>sljdie AFEOIEJFFEJFKIEJF FOEJOIFEI >jeojfij SJOEJFEJFEIJ JEOJWOJFLWJ >feijfowji FOEJIFJEIFJ

整行替换：

>  AFEOIEJFFEJFKIEJF FOEJOIFEI >  SJOEJFEJFEIJ JEOJWOJFLWJ >  FOEJIFJEIFJ

 

 

 

 

------------à

 

 

 

 

 

command：sed 's/^>.*/>/g' file > result