NSRR公开睡眠数据集下载

最近想下载NSRR上的睡眠数据集,但是在下载过程遇到了一些问题,摸索了很久才解决,下面是下载全流程的分享。

1.注册账号并登录

进入 https://sleepdata.org/ 网站,点击“sign up”进行注册,注册成功后点击“sign in”登录。

2.申请数据使用权限

从主页进入Datasets,可以查看数据集,点击数据集可以查看数据集的详细内容,点击"Request Data Access",即可申请使用数据集。

然后根据要求填写相关信息进行申请,这里要注意的是,要用英文写(都是泪,因为每次审核都要一两周,如果失败重来又得等等等…),写**Specific Purpose的时候,要写清楚研究内容、研究计划使用什么方法等等,总之是要写清楚申请理由。**

3.安装Ruby和NSRR Gem

在数据集的Files页面下方有一个NSRR Gem的安装流程,点击即可

<think>我们被要求使用MATLAB读取NSRR数据集。根据引用[1]和[2]的信息,NSRR提供了通过其工具(NSRR Gem)来下载数据,但用户询问的是如何在MATLAB中读取这些数据集。 步骤分析: 1. 首先,需要下载数据集。引用[1]和[2]提到了使用NSRR Gem进行下载,但用户可能已经下载了数据,或者需要先下载。 2. 下载数据集格式是什么?NSRR提供的数据集通常是EDF(European Data Format)格式,因为EDF是睡眠研究中常用的多通道生理信号存储格式。 3. MATLAB读取EDF文件可以使用第三方工具,因为MATLAB本身不直接支持EDF文件读取。 因此,解决方案如下: 步骤1:下载数据集(如果尚未下载) 根据引用[1]和[2]的指导,使用NSRR Gem下载所需的数据集。具体步骤包括安装Ruby,然后安装NSRR Gem,最后使用nsrr命令下载数据。 步骤2:确保下载的数据是EDF格式(通常如此) 步骤3:在MATLAB中读取EDF文件 可以使用以下方法之一: a. 使用MATLAB的Signal Processing Toolbox中的edfread函数(需要R2020b及以上版本,且该函数在R2021a中正式引入)。 b. 使用第三方MATLAB工具,如EDFRead(可在MATLAB File Exchange中找到)。 详细步骤: 1. 下载数据集(如果未完成): 按照引用[1]的步骤: - 安装Ruby(根据官方链接) - 在命令行中执行:gem install nsrr --no-document - 然后使用nsrr命令下载数据,例如:nsrr download [数据集缩写] [文件路径] 2. 读取EDF文件: 假设我们使用的是MATLAB R2021a或更新版本,可以使用内置的edfread函数。 示例代码: edfFile = 'yourfile.edf'; [data, header] = edfread(edfFile); 其中,'data'是一个矩阵,每一列是一个信号通道,'header'包含信号的元数据(如采样率、单位等)。 如果使用较旧版本的MATLAB,可以从File Exchange下载EDF读取函数,例如: https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/31900-edfread 使用这个EDFRead函数的示例: [header, data] = edfread('yourfile.edf'); 注意:在读取EDF文件时,需要确保文件路径正确,并且有足够的权限。 3. 处理数据:根据后续分析需要,可能需要对信号进行滤波、分割等操作。 引用[3]提到的是具体的数据集(Apnea Positive Pressure Long-term Efficacy Study),所以如果用户下载的是这个数据集,同样按照上述方法读取。 如果用户遇到下载问题,可以参考引用[2]中提到的可能遇到的问题及解决方法。 因此,总结回答如下:</think>### 如何在MATLAB中读取NSRR数据集 #### 📥 步骤1:安装NSRR下载工具(需提前完成) 根据引用[1][2],NSRR数据集需通过其官方工具`nsrr`下载: 1. **安装Ruby环境** Windows用户需先安装Ruby([官网下载](https://rubyinstaller.org/)),按默认设置完成安装。 2. **安装NSRR Gem** 在命令提示符执行: ```bash gem install nsrr --no-document ``` 3. **下载数据集** 在目标数据集NSRR页面(如引用[3]的Apnea数据集)获取下载命令,例如: ```bash nsrr download chshd/sleep-edf # 替换为实际数据集ID ``` > 💡 下载后的数据默认存储在用户目录的`nsrr`文件夹中(路径示例:`C:\Users\<用户名>\nsrr`) #### 📂 步骤2:MATLAB读取EDF文件(核心步骤) NSRR数据集通常以**EDF格式**(European Data Format)存储,MATLAB可通过以下方法读取: ##### ✅ 方法1:使用Signal Processing Toolbox(推荐) ```matlab % 读取EDF文件(R2021a及以上版本支持) [data, header] = edfread('path/to/your/file.edf'); % 查看信号信息 disp(header.signal_labels); % 显示所有通道名称 disp(header.samples_per_record);% 采样率信息 % 提取特定通道(示例:EEG Fpz-Cz通道) eeg_index = find(strcmp(header.signal_labels, 'EEG Fpz-Cz')); eeg_data = data(:, eeg_index); ``` ##### ✅ 方法2:File Exchange工具(兼容旧版MATLAB) 1. 下载第三方EDF读取工具: [EDFRead on File Exchange](https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/31900-edfread) 2. 使用示例: ```matlab [header, data] = edfread('file.edf'); % 绘制EEG信号 fs = header.samples(1); % 获取采样率 t = (0:size(data,1)-1)/fs; plot(t, data(:,1)); xlabel('时间(秒)'); ylabel('幅值(\muV)'); title('EEG信号'); ``` #### ⚠️ 注意事项 1. **路径问题** MATLAB需使用完整路径或将文件添加到工作目录: ```matlab addpath('C:\Users\YourName\nsrr\dataset_name\polysomnography'); ``` 2. **数据预处理** EDF文件通常包含多通道数据(EEG、ECG、呼吸等),需根据header信息筛选目标信号: ```matlab % 查找所有EEG通道 eeg_channels = find(contains(header.signal_labels, 'EEG')); ``` 3. **大文件处理** 超大EDF文件可使用`edfread`的分段读取功能: ```matlab [data, header] = edfread('large.edf', 'AssignToOutput', true); ``` #### 📚 示例数据集参考 - 常用NSRR睡眠数据集: - `shhs` (Sleep Heart Health Study) - `chat` (Childhood Adenotonsillectomy Trial) - `cfs` (Cleveland Family Study) - 数据集目录结构通常包含: ``` ├── polysomnography # EDF文件 │ ├── edfs/ │ └── annotations/ └── demographics.csv # 受试者信息 ``` > 通过上述步骤,您可直接在MATLAB中分析睡眠脑电、心电等生理信号。如遇下载问题,可参考NSRR官方文档[^2]。
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