37、蛋白质结构分析与相关工具使用指南

蛋白质结构分析与相关工具使用指南

1. 突出候选硫原子

在分析蛋白质结构时，我们可以通过一系列操作突出候选硫原子。以Desulfovibrio fructosovorans的NiFe - 氢化酶晶体结构为例，具体步骤如下：
1. 隐藏水分子 ：使用 hide water 命令移除水分子，减少干扰。
2. 缩小原子球体 ：执行 spacefill off 命令，缩小原子球体显示。
3. 选择γ - 硫原子 ：使用 select cys436.sg, cys259.sg, cys75.sg, cys546.sg 命令选择特定半胱氨酸的γ - 硫原子。
4. 放大γ - 硫原子 ：执行 spacefill 300 命令，放大所选的γ - 硫原子。

通过在Jmol中旋转分子，可以发现只有半胱氨酸259和436的硫原子位于蛋白质表面，这些可能是Trx的潜在靶点。此时，就可以从计算生物学转向实验生物学进行进一步研究。

2. 扩展分析到多个蛋白质

若要分析多个蛋白质结构文件，上述方法会比较耗时。我们可以使用AWK创建Jmol脚本文件来扩展分析。具体操作步骤如下：
1. 下载PDB文件 ：从PDB数据库下载符合特定条件的PDB文件，例如来源于Escherichia（直接或通过过表达）、X射线分辨率低于2Å且由单条蛋白质