36、生物信息学中的虚拟测序与蛋白质结构分析

生物信息学中的虚拟测序与蛋白质结构分析

1. 虚拟测序 pUC18c

1.1 虚拟测序基础数据

在虚拟测序 pUC18c 的过程中，有一些基础数据需要关注。预期在 MSP 中的残基得分是 1.861，由此可推出预期的 MSP 长度为 21。对于 2686 与 3364 个残基的情况，会产生 1807 万个点。只有在退出 dotter 后，才能回到命令行提示符。图 20.3 中的对角线表示测序仪生成的与 pUC18c DNA 序列完全匹配的 DNA 片段，正斜率的线表示来自反向 DNA 链的序列，反之亦然。

1.2 序列组装

1.2.1 生成与组装序列

在终端 274 的第 3 行，我们生成了测序片段并将其保存到名为 output 的文件中。接下来，使用 TIGR 组装器来组装这些序列，以恢复原始的 pUC18c 序列。组装后的序列片段被称为重叠群（contigs）。运行 TIGR 组装器的命令如下：

# 列出测序目录的内容
$ ls -lh
# 运行 TIGR 组装器
$ run_TA output
# 再次列出目录内容
$ ls -lh

如果在运行过程中收到错误消息，可能需要将 TIGR 组装器重新添加到系统路径中，可使用以下命令：

PATH =∼/Sequencing/TIGR_Assembler_v2/bin : $PATH; export PATH

然后重试。

1.2.2 组装结果