pintools的简单使用

目录

一、利用pintools分析bwa程序

（1）分析函数的调用次数，给出函数调用次序的排序

1. 将写好的插桩程序进行make ，参考Intel官网步骤

2. 下载bwa程序

3. 利用写好的pintools插桩程序来分析bwa的函数调用次数。

（2）分析函数的执行时间，按照执行时间排序。

1. 问题二的执行操作思路和上述相同。

2. 在pin的ManualExaples的目录下依次执行以下命令即可：

二、源代码

（1）分析函数的调用次数，给出函数调用次序的排序

（2）分析函数的执行时间，按照执行时间排序。

 三、总结

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一、利用pintools分析bwa程序

（1）分析函数的调用次数，给出函数调用次序的排序

1. 将写好的插桩程序进行make ，参考Intel官网步骤

Pin: Pin 3.22 User Guide (intel.com)

执行如下命令

#make obj-intel64/proccount.so TARGET=intel64

2. 下载bwa程序

并按照GitHub上的提示执行，因为所给的资源文件是Ref_5.fa h和test40a.fq和test40b.fq所以在执行命令是需要替换。(https://github.com/lh3/bwa)

                         

#make

# ./bwa mem Ref_5.fa test40a.fq | gzip -3 > aln-se.sam.gz

./bwa mem Ref_5.fa test40a.fq test40b.fq | gzip -3 > aln-pe.sam.gz

3. 利用写好的pintools插桩程序来分析bwa的函数调用次数。

因为pin 和proccount.so文件是在pin的相关目录下，因此需要进入对应的目录下，同时因为bwa是在bwa的相关目录下，因此也需要找到对应目录下的文件。执行以下命令：

#../../../pin -t obj-intel64/proccount.so -- ../../../../bwa/bwa mem ../../../../bwa/Ref_5.fa ../../../../bwa/test40a.fq | gzip -3 > aln-se.sam.gz

因为head proccount.out 显示条数较少，于是用cat查看，以下截图截取一部分。

执行命令：

# cat proccount.out

下面看第二个数据集test40b.fq。执行命令：

#../../../pin -t obj-intel64/proccount.so -- ../../../../bwa/bwa mem ../../../../bwa/Ref_5.fa ../../../../bwa/test40b.fq | gzip -3 > aln-se.sam.gz

（2）分析函数的执行时间，按照执行时间排序。