数值工具zero rk的安装与gdb调试跟踪

专写bug小能手

已于 2022-11-30 19:33:38 修改

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分类专栏：数值计算基础文章标签：算法线性代数

于 2022-11-30 18:33:44 首次发布

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数值工具zero_rk

数值工具zero_rk

zero_rk是LLNL实验室开发的常微分、偏微分方程求解数值工具Toolkit，典型的应用如求解chemistry reaction物理问题。

物理问题 0维常微分动力系统求解，例如化学反应，PSR/WSR等；1维篇微分动力系统，如预混、扩散火焰求解；
其语言主要是C，从历史版本Fortran改进到C的版本
支持 mpi并行，cuda GPU并行
可以Debug模式编译，利于gdb调试
底层是对大规模线性方程组 $A x = b$ 求解，支持稠密矩阵、稀疏的迭代算法
第三方库有 Sundilal， SuperLU等
GMRES，Newton迭代
LU直接求解

资源简介

资源托管在github
安装工具为 cmake
可能要去github下载底层依赖库，所以github无法连接到时需要proxy

cmake配置 debug编译

一个最简单的cmake配置及编译过程，注意cmake需要build目录

 mkdir build
 cd build       // 工作目录
 cmake ../     // 根据CMakeList.txt开始配置
 make          // 根据生产的Makefile 编译
 make install  //copy文件到目录，默认安装在build/inst_dir目录下

cmake可以指定选项，例如编译debug模式方便 cgdb调试，关闭MPI调试，这些通过加-D参数= value 来配置，称为option，具体option可以去CMakeList.txt中查看，然后对应进行配置。当然也有ccmake这种GUI帮助配置。

cmake ../ -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug -DENABLEMPI=OFF

第三方库debug编译

zero_rk使用sundials库，安装时默认为Release模式，这对于我们跟踪调试来说不利，可以通过指定为debug模式进行编译，方便gdb调试。
查看CMakeList.txt文件

if(WIN32)
 50   set(ZERORK_EXTERNALS_BUILD_TYPE "${CMAKE_BUILD_TYPE}" CACHE STRING "Build type for external dependencies built dur    ing config.")
 51 else()
 52   set(ZERORK_EXTERNALS_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Build type for external dependencies built during config."    )

此处看到非Win32平台会被默认配置为Release模式，可以为修改按照CMAKE_BUILD_TYPE来手动指定，如下

 52   set(ZERORK_EXTERNALS_BUILD_TYPE "${CMAKE_BUILD_TYPE}" CACHE STRING "Build type for external dependencies built during config."    )

注意CMAKE_BUILD_TYPE 默认是Release的，所以在使用cmake命令时一定要添加选项 -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug 才能以debug模式配置，在make是才能按照debug编译。