Amber，通过in文件如何知道轨迹的帧数

最新推荐文章于 2025-04-08 13:14:03 发布
最新推荐文章于 2025-04-08 13:14:03 发布
阅读量646 收藏 1
点赞数 1
分类专栏： amber 文章标签： 开发语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/abby9897/article/details/126570080
版权

nstlim / ntwx就好了
nstlim是要运行MD的步数，ntwx是每ntwx步写入轨迹文件一次，即一帧

amber教程C2
weixin_42724104的博客
09-04 2155
含12个碱基对的DNA由A型向B型的转换，并进行了一些结果分析。 将A型DNA进行最小化，加热，平衡、动力学模拟得到的轨迹进行动力学分析。 前三步均对DNA进行了限制。 这个教程里还分别对生成的轨迹文件，以及parm文件进行了去水处理，但由于缺少parm的python脚本文件，我便没有进行去水处理，直接进行了轨迹的分析。 需要用到的文件：dna.prmtop和md.nc。 1、测量RMS...
用amber计算dPCA（Dihedral angle principal component analysis）
yuyuyu1014的博客
07-17 1219
之前老师叫我给师姐的文章补个dPCA分析，我也不会，网上好像也没有具体咋分析的教程…瞎分析了一通，也不知道对不对，希望大家能一起学习指出错误~ 一.运行脚本 在Amber16手册中搜索Dihedral covariance matrix calculation and projection for backbone phi/psi 可以看到输入的命令。 运行完得到一个文件名为：dih.project.dat 的文件 二.处理数据 复制帧数Frame、主成分1、主成分2到excel中。 根据公式: 计算出
amber+vmd+cpptraj动力学分析及作图
iiiridescent的博客
03-06 3790
amber+vmd+cpptraj动力学分析及作图
【关键帧提取】基于运动信息
weixin_33962621的博客
06-01 605
关键帧提取，提取视频中具有表征意义的视频帧作为关键帧，来简洁的表述该视频的内容．主要应用于视频的压缩存储，视频结构化索引等领域． 由于关键帧的选择与人的视觉感受有关，存在一定的主观性，目前，大多数关键帧提取主要是局限某个领域的视频，像体育视频，新闻，电影等． 这样可以利用视频本身的特点来完善关键帧提取算法的准确度． 我主要关注于监控视频的关键帧的提取，下面将介绍的方法，主要针对监控视频的． ...
Amber分子动力学模拟后分析
imqyt的博客
12-09 365
要查看复合物在 100 纳秒分子动力学模拟中的，您可以使用 Amber 工具和相关的分析脚本来计算轨迹的 RMSD。
AMBER分子动力学模拟之结果分析(最低能量结果)-- HIV蛋白酶-抑制剂复合物(3)
发呆的比目鱼的博客
05-16 1460
AMBER分子动力学模拟之结果分析(最低能量结果)-- HIV蛋白酶-抑制剂复合物(3)
Amber计算同一链上两部分的结合自由能，输出文件的内容
05-30
这个输入文件中，我们指定了使用1000帧的轨迹文件（`traj.nc`）进行计算，并使用GB和PB模型计算溶剂和电荷效应。我们还指定了要计算的两个区域（`RES1=1-10`和`RES2=20-30`），这样我们就可以计算它们之间的结合...
DNA六元纳米管-续
weixin_42724104的博客
08-03 857
最后调整出来的在AMBER构建百分之八十的100mM的氯化钠乙醇溶剂的方法： （1）在GROMACS采用insert的方法插入既定数量的乙醇分子和水分子。 （2）百分之八十是质量浓度，别按体积浓度算 （3）等盒子收敛到一定程度的时候，再根据体积算出来要多少氯化钠分子。 （4）由于盒子收敛的时候体积变化太大，会报错： SANDER BOMB in subroutine nonbond-li...
【VMD与分子动力学软件交互使用】：AMBER、GROMACS集成实用教程
[【VMD与分子动力学软件交互使用】：AMBER、GROMACS集成实用教程](https://images.contentstack.io/v3/assets/blt71da4c740e00faaa/blt5a0dcc798691dae7/5ea7a3b7ed78352438375205/Blog-GROMACS_2020.jpg) ...
对分子模拟轨迹数据的分析绘图
基博的博客
09-02 6197
主要是用gnuplot和origin绘制分子模拟分析常用的图
分子动力学软件amber的权威网上教程pdf版
06-22
amber workshop tutorial(适用版本8-9) 分子动力学模拟软件amber的一个比较官方的教程，非常辛苦的从网上把一个个页面download下来后整理生成为pdf文件，感兴趣的童鞋可以拿去打印出来看，比在线一边看一边操作要省力。同时作为资料保存也不错。
fps游戏
Amber的博客
04-06 382
http://icpc.upc.edu.cn/problem.php?cid=1721&pid=5 #include<cstdio> #include<cstring> #include<algorithm> #include<cmath> using namespace std; const double pi=acos(-1.0); ...
#AMBER 分子动力学软件Amber18介绍与基础教程(持续更新)
recher_He1107的博客
03-19 1万+
Amber是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下: 其中又分为: 1.系统预处理预处理(pdb预处理,LEAP,antechamber和gaff等) 2.运行动力学模拟(sander,pmemd等) 3.结果分析(mdout_analyzer.py,MMPBSA,cpptraj,FEW等) 1.系统预处理: > 首先,进行分子动力学模拟我们需要对手中的pdb格式的3D蛋白质,...
amber初学……
banquanoe48405的博客
07-12 3059
amber初学…… 以下是分子动力学模拟的一般性步骤, 具体的步骤和过程依赖于你研究的体系和所用的软件, 但这并不影响我们把它当作一个入门指南. 1. 评估体系首先需要对我们要进行模拟的体系做一个简单的评估, 有三个问题是我们必须要明确的: 2. 选择工...
AMBER:运行分子动力学中vmd的使用教程
热门推荐
recher_He1107的博客
04-01 1万+
标题转载来源于 san’s note 来自于大佬的个人博客 写得很详细.对初学者的我帮助很大 本教程旨在向您介绍如何将VMD与AMBER一起使用，介绍如何加载AMBER轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。它并非旨在全面涵盖VMD中存在的所有许多功能。 一、介绍 可视分子动力学（VMD），可从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 获得，它是一种功能强大且...
AMBER分子动力学简例
hdpai2018的博客
05-13 3778
AMBER分子动力学简例（一） 概述 以下是使用AMBER包的简单教程，希望对开始学习分子动力学的同学有用处。申明一下，以下教程原版来自网上，是最最基本的教程，同时也非常实用，有非常好的借鉴意义。 AMBER分子动力学程序包是加州圣弗兰西斯科大学（University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编的，程序很全，现在已经发展到版本9.0。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子，包括蛋白、核算以及药物小分子。软件详细情况请浏览htt
针对Amber 中的计算能量脚本自动化
xiaolan39的博客
05-29 1185
针对Amber计算多个分子的MMPBSA、MMGBSA值自动化 写pbgb_calculate.sh 脚本 #!/bin/bash #用于计算pbgb,取不同的帧及间隔，并输出 read -p "enter pbgbcode:" pbgbcode #读取输入脚本 export $pbgbcode mpirun -np 12 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i ...
Arduino开发物联网ESP32快速入门指南（包含开发语言说明、学习路径和实战教程）
技术改变生活，分享实战项目
04-08 810
通过这个7天学习计划，可快速掌握Arduino物联网开发的核心技能。建议从简单传感器开始，逐步添加复杂功能模块。：基于C/C++的扩展语言，包含Arduino特有的API和库。网络调试助手：NetAssist（Windows）车辆追踪器（GPS+百度地图API）去除了C++的复杂特性（如STL）环境监测站（温湿度+PM2.5）支持面向对象编程（可自定义类）智能门禁（人脸识别+4G报警）
基于Atmega128AU的热电偶温度采集与PID加热控制高精度数据采集系统设计
最新发布
04-11
内容概要：本文详细介绍了基于Atmega128AU微控制器的高精度温度采集与PID加热控制系统的设计与实现。系统采用两片AD7732进行24位高精度数据采集，配合MAX31856实现热电偶温度测量，并通过PID算法对加热过程进行精确控制。文中详细描述了各个组件的配置方法、代码实现以及抗干扰措施，确保系统的高精度和稳定性。此外，系统支持Modbus RTU通信协议，便于远程监控和调试。 适合人群：具有一定嵌入式开发经验的研发人员和技术爱好者。 使用场景及目标：适用于需要高精度温度控制的工业应用场景，如实验室、热处理炉等。目标是实现稳定的温度采集和精准的加热控制，同时具备良好的抗干扰性能。 其他说明：文中提供了详细的代码片段和配置指南，帮助读者理解和复现系统设计。强调了硬件选择、软件实现和抗干扰设计的重要性，确保系统能够在复杂环境中稳定运行。
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值