DAY14打卡 SHAP图的绘制

经典机器学习中SHAP可解释分析

经典机器学习中的SHAP可解释分析

输入:

# 先运行之前预处理好的代码
import pandas as pd
import pandas as pd    #用于数据处理和分析,可处理表格数据。
import numpy as np     #用于数值计算,提供了高效的数组操作。
import matplotlib.pyplot as plt    #用于绘制各种类型的图表
import seaborn as sns   #基于matplotlib的高级绘图库,能绘制更美观的统计图形。
import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")
 
 # 设置中文字体(解决中文显示问题)
plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei']  # Windows系统常用黑体字体
plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False    # 正常显示负号
data = pd.read_csv('data.csv')    #读取数据
 
 
# 先筛选字符串变量 
discrete_features = data.select_dtypes(include=['object']).columns.tolist()
# Home Ownership 标签编码
home_ownership_mapping = {
    'Own Home': 1,
    'Rent': 2,
    'Have Mortgage': 3,
    'Home Mortgage': 4
}
data['Home Ownership'] = data['Home Ownership'].map(home_ownership_mapping)
 
# Years in current job 标签编码
years_in_job_mapping = {
    '< 1 year': 1,
    '1 year': 2,
    '2 years': 3,
    '3 years': 4,
    '4 years': 5,
    '5 years': 6,
    '6 years': 7,
    '7 years': 8,
    '8 years': 9,
    '9 years': 10,
    '10+ years': 11
}
data['Years in current job'] = data['Years in current job'].map(years_in_job_mapping)
 
# Purpose 独热编码,记得需要将bool类型转换为数值
data = pd.get_dummies(data, columns=['Purpose'])
data2 = pd.read_csv("data.csv") # 重新读取数据,用来做列名对比
list_final = [] # 新建一个空列表,用于存放独热编码后新增的特征名
for i in data.columns:
    if i not in data2.columns:
       list_final.append(i) # 这里打印出来的就是独热编码后的特征名
for i in list_final:
    data[i] = data[i].astype(int) # 这里的i就是独热编码后的特征名
 
 
 
# Term 0 - 1 映射
term_mapping = {
    'Short Term': 0,
    'Long Term': 1
}
data['Term'] = data['Term'].map(term_mapping)
data.rename(columns={'Term': 'Long Term'}, inplace=True) # 重命名列
continuous_features = data.select_dtypes(include=['int64', 'float64']).columns.tolist()  #把筛选出来的列名转换成列表
 
 # 连续特征用中位数补全
for feature in continuous_features:     
    mode_value = data[feature].mode()[0]            #获取该列的众数。
    data[feature].fillna(mode_value, inplace=True)          #用众数填充该列的缺失值,inplace=True表示直接在原数据上修改。
 
# 最开始也说了 很多调参函数自带交叉验证,甚至是必选的参数,你如果想要不交叉反而实现起来会麻烦很多
# 所以这里我们还是只划分一次数据集
from sklearn.model_selection import train_test_split
X = data.drop(['Credit Default'], axis=1)  # 特征,axis=1表示按列删除
y = data['Credit Default'] # 标签
# 按照8:2划分训练集和测试集
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2, random_state=42)  # 80%训练集,20%测试集
 
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier #随机森林分类器
 
from sklearn.metrics import accuracy_score, precision_score, recall_score, f1_score # 用于评估分类器性能的指标
from sklearn.metrics import classification_report, confusion_matrix #用于生成分类报告和混淆矩阵
import warnings #用于忽略警告信息
warnings.filterwarnings("ignore") # 忽略所有警告信息
# --- 1. 默认参数的随机森林 ---
# 评估基准模型,这里确实不需要验证集
print("--- 1. 默认参数随机森林 (训练集 -> 测试集) ---")
import time # 这里介绍一个新的库,time库,主要用于时间相关的操作,因为调参需要很长时间,记录下会帮助后人知道大概的时长
start_time = time.time() # 记录开始时间
rf_model = RandomForestClassifier(random_state=42)
rf_model.fit(X_train, y_train) # 在训练集上训练
rf_pred = rf_model.predict(X_test) # 在测试集上预测
end_time = time.time() # 记录结束时间
 
print(f"训练与预测耗时: {end_time - start_time:.4f} 秒")
print("\n默认随机森林 在测试集上的分类报告:")
print(classification_report(y_test, rf_pred))
print("默认随机森林 在测试集上的混淆矩阵:")
print(confusion_matrix(y_test, rf_pred))

输出:

--- 1. 默认参数随机森林 (训练集 -> 测试集) ---
训练与预测耗时: 0.9542 秒
 
默认随机森林 在测试集上的分类报告:
              precision    recall  f1-score   support
 
           0       0.77      0.97      0.86      1059
           1       0.79      0.30      0.43       441
 
    accuracy                           0.77      1500
   macro avg       0.78      0.63      0.64      1500
weighted avg       0.77      0.77      0.73      1500
 
默认随机森林 在测试集上的混淆矩阵:
[[1023   36]
 [ 309  132]]

SHAP 通过计算每个特征对单个预测(相对于平均预测)的边际贡献(Shapley 值),提供了一种将模型预测分解到每个特征上的方法。这种分解对于每个样本和每个特征(以及分类问题中的每个类别)都需要进行,因此生成了我们看到的 `shap_values` 数组结构

import shap
import matplotlib.pyplot as plt
 
# 初始化 SHAP 解释器
explainer = shap.TreeExplainer(rf_model)
 
# 计算 SHAP 值(基于测试集),这个shap_values是一个numpy数组,表示每个特征对每个样本的贡献值
# 这里大家先知道这是个numpy数组即可,我们后面学习完numpy在来回头解读这个值
shap_values = explainer.shap_values(X_test) # 这个计算耗时

分类问题和回归问题输出的shap_values的形状不同。

分类问题:shap_values.shape =(n_samples, n_features, n_classes)

回归问题:shap_values.shape = (n_samples, n_features)

shap_values # 每一行代表一个样本,每一列代表一个特征,值表示该特征对该样本的预测结果的影响程度。正值表示该特征对预测结果有正向影响,负值表示负向影响。
 
shap_values.shape # 第一维是样本数,第二维是特征数,第三维是类别数
# --- 1. SHAP 特征重要性条形图 (Summary Plot - Bar) ---
print("--- 1. SHAP 特征重要性条形图 ---")
shap.summary_plot(shap_values[:, :, 0], X_test, plot_type="bar",show=False)  #  这里的show=False表示不直接显示图形,这样可以继续用plt来修改元素,不然就直接输出了
plt.title("SHAP Feature Importance (Bar Plot)")
plt.show()

 

# --- 2. SHAP 特征重要性蜂巢图 (Summary Plot - Violin) ---
print("--- 2. SHAP 特征重要性蜂巢图 ---")
shap.summary_plot(shap_values[:, :, 0], X_test,plot_type="violin",show=False,max_display=10) # 这里的show=False表示不直接显示图形,这样可以继续用plt来修改元素,不然就直接输出了
plt.title("SHAP Feature Importance (Violin Plot)")
plt.show()
# 注意下上面几个参数,plot_type可以是bar和violin,max_display表示显示前多少个特征,默认是20个

@浙大疏锦行

<think>我们正在讨论如何保存SHAP库生成的表。根据用户的问题,他想要知道如何保存SHAP绘制。虽然引用中提供了一些使用SHAP的例子,但没有直接提到保存表的方法。因此,我们需要根据SHAP库的文档和常见用法来回答。 在SHAP库中,大多数绘函数都会返回一个matplotlib的plot对象(如果设置了`matplotlib=True`)或者是一个shap.plots._plot对象(默认情况下使用matplotlib)。因此,我们可以使用matplotlib的标准方法来保存表。 具体步骤如下: 1. 在调用绘函数时,设置`show=False`(如果该函数支持此参数),这样形就不会立即显示,而是返回一个matplotlib的figure对象。 2. 然后,我们可以使用matplotlib的`savefig`函数来保存这个figure对象。 但是请注意,不同的SHAP函数可能有不同的返回值。有些函数可能返回figure对象,有些可能返回axis对象,有些可能不返回任何值(直接显示像)。因此,我们需要查看具体的绘函数的文档。 以`shap.force_plot`为例(根据引用[2]中的示例): 在引用[2]中,使用了`shap.force_plot`并且设置了`matplotlib=True`,这样它就会使用matplotlib绘。我们可以通过设置`show=False`来避免立即显示,并获取figure对象。 然而,在SHAP的官方文档中,从0.40.0版本开始,`force_plot`函数在设置`matplotlib=True`时会返回一个figure对象。因此,我们可以这样做: ```python fig = shap.force_plot(base_value=explainer.expected_value[1], shap_values=shap_oneFromTrain[1], features=data_sample_i, matplotlib=True, show=False) fig.savefig('force_plot.png', bbox_inches='tight') ``` 对于其他的,比如`shap.plots.bar`(引用[1]中提到的平均SHAP),在0.40.0版本之后,该函数也会返回一个matplotlib的figure对象(当使用matplotlib时)。因此,同样可以使用: ```python fig = shap.plots.bar(shap_values) fig.savefig('bar_plot.png', bbox_inches='tight') ``` 但是,需要注意的是,有些绘函数可能默认使用Javascript进行交互式绘(特别是在Jupyter Notebook中),而不是matplotlib。对于这些函数,如果我们想要静态像,可以设置`matplotlib=True`(如果支持的话),或者使用其他方式保存。 另外,如果绘函数不返回figure对象(比如旧版本的SHAP),我们可以使用matplotlib的当前figure来保存: ```python shap.plots.bar(shap_values) # 绘制像,此时会创建一个figure plt.gcf() # 获取当前figure plt.savefig('bar_plot.png', bbox_inches='tight') ``` 或者,我们也可以先创建一个figure,然后在该figure上绘: ```python plt.figure() # 创建一个新的figure shap.plots.bar(shap_values) # 此时会使用当前figure plt.savefig('bar_plot.png', bbox_inches='tight') ``` 总结:保存SHAP表的一般方法: 1. 如果绘函数返回figure对象,则直接使用该对象的`savefig`方法保存。 2. 如果不返回,则使用`plt.gcf()`获取当前figure,然后保存。 3. 注意设置`bbox_inches='tight'`可以避免保存的像边缘被裁剪。 另外,对于交互式形(例如使用Javascript绘制的),SHAP库可能提供了导出为HTML文件的功能,比如`shap.save_html`函数可以保存force plot为HTML。例如: ```python shap.save_html('force_plot.html', shap.force_plot(base_value, shap_values, X)) ``` 因此,根据用户需要保存的表类型,可以选择保存为静态片(PNG、JPG等)或者交互式的HTML文件。 注意:以上代码示例基于SHAP库的常见用法,具体版本可能会有差异,请根据实际使用的SHAP版本调整。 由于用户没有指定具体的表类型,我们提供了两种主要类型的保存方法:静态片和交互式HTML。 最后,提醒用户查阅所使用的SHAP版本的官方文档以获取最准确的信息。 根据以上分析,我们给出回答。 </think>### 保存 SHAP 库绘的方法 在 SHAP 库中,保存可视化表主要通过以下三种方式实现: #### 1. **通过 Matplotlib 对象保存** 当使用 `matplotlib=True` 参数时,绘函数会返回 Matplotlib 的 `Figure` 对象,可直接调用 `savefig()` 保存: ```python # 单个样本力保存示例 fig = shap.force_plot( base_value=explainer.expected_value[1], shap_values=shap_values[1], features=data_sample_i, matplotlib=True, show=False # 关闭自动显示 ) fig.savefig('force_plot.png', dpi=300, bbox_inches='tight') # 保存为高清PNG # 特征重要性条形保存示例 bar_fig = shap.plots.bar(shap_values, show=False) bar_fig.savefig('feature_importance.png') ``` [^1][^2] #### 2. **保存为 HTML 文件** 适用于交互式可视化(如力、依赖): ```python # 生成 HTML 格式的力 html_plot = shap.force_plot( base_value=explainer.expected_value, shap_values=shap_values[0] ) # 保存为独立 HTML 文件 shap.save_html('interactive_plot.html', html_plot) ``` #### 3. **直接截保存** 对于无法直接导出静态的场景: ```python # 依赖保存示例 shap.dependence_plot( "feature_name", shap_values, features, show=False ) plt.gcf().set_size_inches(10, 6) plt.tight_layout() plt.savefig('dependence_plot.jpg') # 保存为JPG格式 ``` ### ⚠️ 注意事项 1. **版本兼容性** SHAP ≥ 0.40.0 版本才完整支持 `matplotlib=True` 参数,旧版本需升级: ```bash pip install --upgrade shap ``` 2. **格式选择建议** | 表类型 | 推荐格式 | 优势 | |----------------|------------|--------------------------| | 静态表 | PNG/SVG | 高清无损 | | 交互式可视化 | HTML | 保留交互功能 | | 论文用 | PDF/EPS | 矢量格式适合印刷 | 3. **常见错误处理** 若遇 `'NoneType' has no attribute 'savefig'` 错误,需确认: ```python # 确保设置了 matplotlib=True 和 show=False fig = shap.plots.waterfall(shap_values[0], show=False, matplotlib=True) ``` ### 应用示例 引用[3]中的膜分离工艺特征分析,保存 SHAP 特征贡献: ```python # 计算RBFNN模型的SHAP值 explainer = shap.Explainer(model) shap_values = explainer(features) # 保存膜面积参数的依赖 fig = shap.dependence_plot( "膜面积", shap_values, features, show=False, matplotlib=True ) fig.savefig('membrane_area_dependence.pdf') # 保存为PDF矢量 ```
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