将组PNG转换为NIfTI格式的ITK工具

最新推荐文章于 2025-03-19 11:09:27 发布

ZoMaster

最新推荐文章于 2025-03-19 11:09:27 发布

阅读量145

点赞数

文章标签： ITK

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/ZoMaster/article/details/133570568

版权

ITK 专栏收录该内容

66 篇文章 ¥59.90 ¥99.00

订阅专栏

本文介绍了如何利用ITK库将PNG图像转换为NIfTI格式，NIfTI是医学图像处理的常用格式，具有丰富的元数据。文章提供了一段示例代码，展示如何读取PNG图像，将其转换为ITK图像对象，再创建NIfTI图像并保存，以供医学图像分析和研究使用。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

在医学图像处理和分析领域，ITK（Insight Segmentation and Registration Toolkit）是一个非常流行的开源库。它提供了丰富的功能，包括图像滤波、分割、配准等。本文将介绍如何使用ITK库将组合PNG图像转换为NIfTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式的工具。

NIfTI是一种常用的医学图像格式，用于存储和处理神经影像数据。与PNG格式相比，NIfTI具有更多的元数据信息，可以存储三维和四维图像数据，适用于医学图像分析和研究。

下面是一个使用ITK库将组合PNG图像转换为NIfTI格式的示例代码：

import itk

def convert_png_to_nifti(input_path, output_path):

了解本专栏

订阅专栏解锁全文

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

ZoMaster

关注关注

0
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

专栏目录

订阅专栏

png标签转nii图像

sdhdsf132452的博客

03-11

957

【代码】png标签转nii图像。

关于超声图片进行放射组学的疑问：超声图片是用labelme勾画的病灶，生成的文件后缀为json,可以直接转换为nii格式后,做放射组学特征提取吗？

**My Coding Family**

02-02

620

🏆本文收录于专栏，主要记录项目实战过程中所遇到的Bug或因后果及提供真实有效的解决方案，希望能够助你一臂之力，帮你早日登顶实现财富自由🚀；同时，欢迎大家！持续更新中，up！up！up！！

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

MR图像预处理（2）——png图片组合成nii文件

bosomy_brain的博客

01-18

1029

通过ITK-SNAP吐出来的文件都是nii形式的3d文件，但是跑深度学习的时候需要2d的图片以及mask相对应，所以一种方法是拆nii文件，一种方法是把png组合成nii显示三维文件，这里为了和后面模块的一致性，讲一下如何把png组合成nii（如何把dcm转换成png已经在预处理（1）中讲过）利用前面处理好的png，我们就可以得到需要的nii文件。

将批量图片转换成NIFTI(.nii)格式

最新发布

qq_44505899的博客

03-19

1083

医学影像数据之nii、dcm、png的数据格式互转

【实操记录】png图片转nii.gz

SUM_MER23的博客

10-30

831

【代码】【实操记录】png图片转nii.gz。

将png格式文件转化为nii.gz格式

m0_73677889的博客

07-16

962

python代码如下。

png转nii

weixin_38907184的博客

02-17

907

import SimpleITK as sitk import glob import numpy as np from PIL import Image import cv2 def save_array_as_nii_volume(data, filename, reference_name=None): img = sitk.GetImageFromArray(data) if (reference_name is not None): img_ref = si.

ITK 实现多张图像转成单个nii.gz或mha文件案例

12-17

为了补充知识，我们可以看到提到将一组PNG图片转换为.nii.gz格式，这可能涉及到Python编程，使用了SimpleITK库（一个Python接口，用于与ITK交互）、numpy数组处理、PIL（Python Imaging Library）和OpenCV等工具。...

医学图像处理：nii格式转换(3D切片为2D)

悠眠小虫的博客

05-05

4351

由于目前我所训练的图像数据均为2D，因此我采用了纵向切片的方法处理，但在此之前需要查看图像数据是否有损坏。由于目前我所接触训练数据都是2D图像，而生物医学工程竞赛中提供的数据集大部分都是这种 nii 格式的文件，因此在遇到这种 nii 文件时我都会先将其转换为PNG格式的图像在进一步处理。这个只是很简单的查看一个 .nii 文件是否能够正常显示，ITK-SNAP软件对于3D图像的处理很有帮助，但我对3D图像数据的处理方式并不熟悉，因此并未深入探讨，如果有想要深入了解该软件的使用方法，请移步。

医学图像处理png转nii

weixin_48780159的博客

06-23

2266

使用python 将png转nii

ADNI数据集：.nii格式转换为.png格式

01-06

ADNI数据集：.nii格式转换为.png格式 1、共有AD_001-AD_015共15个.nii文件分别查看每个文件的详细信息，以得到shape维度信息 import nibabel as nib file = 'D:\\图像分割\\AD\\AD_015\\AD_015.nii' #你的nii或者nii.gz文件路径 img = nib.load(file) print(img) 2、通过查看得到每个文件都为四维，只是大小不同开始进行格式转换 import os import numpy as np import nibabel as nib import imageio im

python实现批量nii文件转换为png图像

09-19

主要介绍了python实现批量nii文件转换为png图像，文中通过示例代码介绍的非常详细，对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧

二维png格式图片批量转三维/四维nii.gz格式

m0_74265954的博客

04-19

511

虽然输出是四维，在使用itksnap软件，save main image之后，是三维形式的。嗯嗯我只是记录一下代码方便之后自己使用，如果有uu不小心看到了请谨慎使用嘿嘿。

多张png合成为nii.gz

qq_45862064的博客

08-26

1914

将多张png图片按照(h, w, c)组装成nii.gz import numpy as np import nibabel as nib from glob import glob from torch.utils.data import Dataset, DataLoader from torchvision import transforms from PIL import Image class DataSet(Dataset): # 方便读数据 def __init__(self,

图片格式的转换代码：nii、png、h5

weixin_46683219的博客

05-23

3281

nii可视化为png import numpy as np import os # 遍历文件夹 import nibabel as nib # nii格式一般都会用到这个包 import imageio # 转换成图像 def nii_to_image(niifile): filenames = os.listdir(filepath) # 读取nii文件夹 slice_trans = [] for f in filenames: # 开始读取nii.

将一组png图片转为nii.gz

dream_toy的博客

06-30

7456

主要之前使用matlab 对numpy数组存放方式不是很了解.应该是[z,x,y]这样在itksnamp上看就对了 import SimpleITK as sitk import glob import numpy as np from PIL import Image import cv2 import matplotlib.pyplot as plt # plt 用于显示图片 def...

itksnap读取png

03-17

### 使用 ITK-SNAP 加载或处理 PNG 文件 ITK-SNAP 主要用于医学图像的分割与标注任务，其核心功能围绕三维医学影像数据展开[^1]。然而，在某些情况下，用户可能希望加载二维图像文件（如 PNG），以便将其作为输入的一部分或者与其他三维数据结合使用。 #### 支持的文件格式 ITK-SNAP 默认支持多种常见的医学图像格式，例如 NIfTI (.nii, .nii.gz)，DICOM (.dcm)，以及 Analyze 格式等[^3]。对于 PNG 文件的支持并不直接内置到 ITK-SNAP 中，因为该工具主要针对的是体积数据而非平面图像。不过，可以通过以下方式间接实现： --- #### 方法一：转换 PNG 到兼容格式将 PNG 图像转换为 ITK-SNAP 可识别的格式是最常用的方法之一。以下是具体操作流程： 1. **利用第三方工具** 借助 ImageMagick 或 Python 的 `Pillow` 库来批量转换 PNG 文件至 NIfTI 格式。 2. **Python 脚本示例** 下面提供了一个简单的脚本，展示如何通过 Python 将单张或多张 PNG 图片堆叠成一个三维数组并保存为 NIfTI 文件。 ```python import numpy as np from PIL import Image import nibabel as nib def png_to_nifti(png_files, output_path): images = [] for file in png_files: img = Image.open(file).convert('L') # Convert to grayscale images.append(np.array(img)) volume_data = np.stack(images, axis=0) # Stack along the z-axis nifti_img = nib.Nifti1Image(volume_data, affine=np.eye(4)) # Create a NIfTI object with identity affine matrix nib.save(nifti_img, output_path) # Example usage png_files = ['image1.png', 'image2.png'] # List of your PNG files output_path = 'volume.nii' png_to_nifti(png_files, output_path) ``` 上述代码会读取一系列 PNG 文件并将它们组合成一个三维矩阵，最后导出为 `.nii` 文件供 ITK-SNAP 使用[^2]。 --- #### 方法二：手动导入切片序列如果只有少量 PNG 文件，则可以直接在 ITK-SNAP 中逐一切换层进行编辑。虽然这种方式效率较低，但对于小型项目来说仍然可行。需要注意的是，每一张图片都应具有相同的尺寸和分辨率以确保一致性。 --- #### 解决常见错误提示当尝试加载不被支持的文件类型时，可能会遇到启动异常等问题。例如，“Exception occurred during ITK-SNAP startup”，这通常是因为配置文件损坏所致。此时可参照建议删除 UserPreferences.xml 来恢复默认设置[^4]。 --- #### 总结尽管 ITK-SNAP 并未原生支持 PNG 文件，但借助外部手段能够轻松克服这一局限性。无论是采用编程自动化还是手工调整的方式，都可以让 PNG 数据融入到更广泛的医疗影像分析工作流当中去。