DataLossError (see above for traceback): Unable to open table file

最新推荐文章于 2022-03-01 20:23:50 发布

Zhang_xi_xi_94

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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Zhang_xi_xi_94/article/details/81293048

最近在练习使用TensorFlow框架进行模型的训练和恢复，在进行模型恢复的过程中遇到了问题：

原代码：

meta_path = 'data_batch.txt_epoch_2.ckpt.meta' #图路径
model_path = 'data_batch.txt_epoch_2.ckpt.data-00000-of-00001' #数据路径
saver = tf.train.import_meta_graph(meta_path) #加载图

with tf.Session() as sess:
saver.restore(sess, model_path) #加载数据
graph = tf.get_default_graph()
input_pro = graph.get_tensor_by_name('input_pro:0') #加载张量
input_lnc = graph.get_tensor_by_name('input_lnc:0')
true_labels = graph.get_tensor_by_name('true_labels:0')
accuracy = graph.get_tensor_by_name('Accuracy/acc:0')
提示错误：DataLossError (see above for traceback): Unable to open table file .\data_batch.txt_epoch_2.ckpt.data-00000-of-00001: Da

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特征提取代码报错HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.12.1) thread 0: #000: D:\a\SimpleITK\SimpleITK\bld\ITK\Modules\ThirdParty\HDF5\src\itkhdf5\src\H5Fdeprec.c line 156 in itk_H5Fis_hdf5(): unable to determine if file is accessible as HDF5 major: File accessibility minor: Not an HDF5 file #001: D:\a\SimpleITK\SimpleITK\bld\ITK\Modules\ThirdParty\HDF5\src\itkhdf5\src\H5VLcallback.c line 3769 in itk_H5VL_file_specific(): file specific failed major: Virtual Object Layer minor: Can't operate on object #002: D:\a\SimpleITK\SimpleITK\bld\ITK\Modules\ThirdParty\HDF5\src\itkhdf5\src\H5VLcallback.c line 3699 in H5VL__file_specific(): file specific failed major: Virtual Object Layer minor: Can't operate on object #003: D:\a\SimpleITK\SimpleITK\bld\ITK\Modules\ThirdParty\HDF5\src\itkhdf5\src\H5VLnative_file.c line 384 in itk_H5VL__native_file_specific(): error in HDF5 file check major: File accessibility minor: Unable to initialize object #004: D:\a\SimpleITK\SimpleITK\bld\ITK\Modules\ThirdParty\HDF5\src\itkhdf5\src\H5Fint.c line 1073 in itk_H5F__is_hdf5(): unable to open file major: File accessibility minor: Unable to initialize object #005: D:\a\SimpleITK\SimpleITK\bld\ITK\Modules\ThirdParty\HDF5\src\itkhdf5\src\H5FD.c line 723 in itk_H5FD_open(): open failed major: Virtual File Layer minor: Unable to initialize object #006: D:\a\SimpleITK\SimpleITK\bld\ITK\Modules\ThirdParty\HDF5\src\itkhdf5\src\H5FDsec2.c line 355 in H5FD__sec2_open(): unable to open file: name = 'F:\data_shuqi\ct', errno = 13, error message = 'Permission denied', flags = 0, o_flags = 0 major: File accessibility minor: Unable to open file Traceback (most recent call last): File "F:\PythonProject2\4.py", line 8, in <module> image_nii = sitk.ReadImage(r"F:\data_shuqi\ct") File "C:\Users\lenovo\anaconda3\envs\radi\lib\site-packages\SimpleITK\extra.py", line 384, in ReadImage return reader.Execute() File "C:\Users\lenovo\anaconda3\envs\radi\lib\site-packages\SimpleITK\SimpleITK.py", line 8534, in Execute return _SimpleITK.ImageFileReader_Execute(self) RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ImageFileReader_Execute: D:\a\SimpleITK\SimpleITK\Code\IO\src\sitkImageReaderBase.cxx:96: sitk::ERROR: Unable to open "F:\data_shuqi\ct" for reading.

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<think>首先，用户的问题是关于解决SimpleITK读取HDF5文件时的错误："Unable to open file: name = 'F:\data_shuqi\ct', errno = 13, error message = 'Permission denied'"。错误代码errno=13表示权限被拒绝。我需要根据系统级指令来构建回答： - 所有行内数学表达式使用$...$格式，但在这个问题中，可能没有数学表达式，所以我不需要添加。 - 独立公式使用$$...$$并单独成段，同样，这里可能不需要。 - LaTeX语法正确：确保在需要时正确使用。 - 使用中文回答。 - 生成相关问题：在回答结束时，添加相关问题。 - 回答中引用的段落末尾自然地添加引用标识：例如[^1]，基于提供的引用。用户的问题引用了一些站内引用，但它们是关于HDF5文件读取错误的，包括： - 引用[1]：解决HDF5文件锁问题，包括设置环境变量HDF5_USE_FILE_LOCKING=FALSE。 - 引用[2]：类似错误，errno=37。 - 引用[3]：多进程编程时的errno=11错误。 - 引用[4]：导入模型时文件打开错误，涉及路径、编码、中文路径等问题。用户的错误是errno=13，权限被拒绝，这与之前的引用不同。之前的引用主要涉及文件锁问题（errno=37, 11），而用户的是权限问题（errno=13）。所以，我需要基于一般知识来解决权限问题。关键点： - 错误信息：Permission denied，意味着程序没有权限访问文件或目录。 - 文件路径：'F:\data_shuqi\ct'。注意，在Windows中，反斜杠需要转义或使用原始字符串。在Python中，路径可能需要处理为原始字符串或使用正斜杠。解决步骤： 1. **检查文件路径**：确保路径正确，文件存在。用户指定了'F:\data_shuqi\ct'，这看起来像是一个目录，而不是文件。HDF5文件通常有扩展名如.h5或.hdf5。用户说"ct"，可能是一个文件或目录名。我需要确认是否ct是文件名还是目录。 2. **权限问题**：在Windows上，权限被拒绝可能是因为： - 文件或目录没有读权限。 - 文件被另一个进程锁定。 - 路径包含特殊字符或空格。 - 程序运行的用户账户没有足够权限。 3. **路径处理**：在Python代码中，路径可能需要使用原始字符串（r'F:\data_shuqi\ct'）或双反斜杠（'F:\\data_shuqi\\ct'）以避免转义问题。 4. **其他建议**：基于引用[4]，检查路径是否包含中文，确保编码正确，但errno=13更直接是权限问题。可能的解决方案： - 以管理员身份运行程序。 - 检查文件属性，确保用户有读权限。 - 确保文件没有被其他程序占用。 - 修改路径为使用正斜杠或原始字符串。 - 如果ct是目录，确保它是一个有效的HDF5文件路径。用户提到"SimpleITK读取HDF5文件"，所以代码是使用SimpleITK库读取HDF5文件。SimpleITK用于医学图像处理，可能处理HDF5文件。结构化回答： 1. **解释错误**：简要说明错误含义。 2. **提供解决方案**：逐步列出可能的解决方法。 3. **参考引用**：如果适用，添加引用标识。但用户的引用主要是针对其他错误，所以我需要谨慎引用。例如，引用[4]提到路径问题，可能相关。 4. **生成相关问题**：在最后添加相关问题。回答结构： - 开头：确认错误。 - 解决方法： a. 验证文件路径。 b. 检查文件权限。 c. 以管理员身份运行。 d. 确保文件未被占用。 e. 路径处理建议。 f. 其他通用建议。 - 结束：生成相关问题。相关问题： 1. 如何预防HDF5文件读取权限问题？ 2. SimpleITK处理HDF5文件的常见错误有哪些？ 3. 在Windows上如何修改文件权限？确保回答清晰、真实可靠。</think>### 解决SimpleITK读取HDF5文件时报错：Unable to open file, errno = 13, Permission denied 您好！您的错误信息 `Unable to open file: name = 'F:\data_shuqi\ct', errno = 13, error message = 'Permission denied'` 表示程序在尝试打开文件时遇到了权限问题。错误代码 `errno=13` 在Windows系统中通常表示文件或目录的访问权限不足，或者文件被其他进程锁定。这可能是由于文件路径不正确、用户权限受限、文件被占用或路径转义问题引起的。以下我将逐步提供解决方法，基于常见HDF5文件处理经验[^1][^4]。请按顺序尝试这些步骤。 #### 逐步解决方法 1. **验证文件路径和存在性** - 确保路径 `F:\data_shuqi\ct` 是正确的，且文件实际存在。HDF5文件通常以 `.h5` 或 `.hdf5` 为扩展名，但您的路径中 `ct` 没有扩展名，这可能是一个目录或无效文件。 - 检查 `F:\data_shuqi\` 目录下是否有名为 `ct` 的文件（如 `ct.h5`）。如果 `ct` 是一个目录，SimpleITK 无法直接读取目录，需指定具体文件路径。 - 在Python代码中，使用 `os.path.exists()` 验证路径： ```python import os file_path = r'F:\data_shuqi\ct' # 使用原始字符串避免转义问题 if os.path.exists(file_path): print("文件存在") else: print("文件不存在，请检查路径") ``` - 如果路径包含中文或特殊字符（如空格），尝试重命名文件或目录为纯英文，并确保路径长度不超过Windows限制（260字符）[^4]。 2. **检查文件权限** - 权限问题是最常见原因。右键点击文件或目录（`F:\data_shuqi\ct`），选择“属性” > “安全”选项卡，确认当前用户账户（如您的用户名）有“读取”权限。 - 如果没有权限，点击“编辑”添加用户并勾选“读取”权限。 - 如果文件在受保护目录（如 `Program Files`），将其移动到用户目录（如 `C:\Users\YourName\Documents`）。 - 以管理员身份运行程序： - 在IDE（如PyCharm）中，右键点击运行图标，选择“以管理员身份运行”。 - 如果使用命令行，启动时添加管理员权限。 3. **确保文件未被占用** - 文件可能被其他程序锁定（如资源管理器、Python进程或HDF5查看器）。 - 关闭所有可能访问该文件的程序。 - 使用工具如 `Process Explorer`（Microsoft官方工具）检查文件锁定状态。 - 在代码中，添加文件关闭逻辑。如果之前有写入操作未关闭文件，会导致读取失败[^2]： ```python import h5py # 写入文件后务必关闭 with h5py.File('file.h5', 'w') as f: f.create_dataset('data', data=[1,2,3]) # 读取时使用正确模式 with h5py.File('file.h5', 'r') as f: data = f['data'][:] ``` 4. **路径转义和格式处理** - 在Python中，Windows路径的反斜杠 `\` 可能被解释为转义字符（如 `\d` 被视为特殊字符）。使用原始字符串或正斜杠： ```python # 错误方式：'F:\data_shuqi\ct' 可能被转义 # 正确方式1：原始字符串 file_path = r'F:\data_shuqi\ct' # 正确方式2：双反斜杠 file_path = 'F:\\data_shuqi\\ct' # 正确方式3：正斜杠（推荐跨平台） file_path = 'F:/data_shuqi/ct' ``` - 在SimpleITK读取代码中应用： ```python import SimpleITK as sitk image = sitk.ReadImage(r'F:\data_shuqi\ct.h5') # 假设ct是.h5文件 ``` 5. **其他通用修复** - **环境变量设置**：虽然您的错误是 `errno=13`（权限问题），而非文件锁错误（如 `errno=37`），但有时HDF5库的锁机制会间接导致权限冲突。尝试在代码开头设置环境变量[^1][^3]： ```python import os os.environ["HDF5_USE_FILE_LOCKING"] = "FALSE" # 禁用文件锁 ``` - **更新库和重启**： - 确保SimpleITK、h5py库最新：`pip install --upgrade simpleitk h5py`。 - 重启IDE或计算机，释放潜在锁。 - **文件系统检查**：如果文件在F盘（如外接硬盘），检查磁盘错误：右键点击F盘 > “属性” > “工具” > “检查错误”。如果以上步骤无效，请提供更多细节（如完整代码、文件属性截图），我会进一步协助您排查。 #### 相关问题 1. 如何在不同操作系统中处理HDF5文件的权限问题？ 2. SimpleITK读取HDF5文件时还有哪些常见错误及解决方法？ 3. 如何优化HDF5文件读写性能以避免锁冲突？ [^1]: 解决HDF5文件锁问题的方法，包括环境变量设置和路径检查。 [^2]: 文件未关闭导致的读取错误，强调了在读写操作后正确关闭文件的重要性。 [^3]: 多进程环境下的文件锁冲突，建议禁用文件锁机制。 [^4]: 路径和权限问题解决方案，如检查中文路径、权限设置和库更新。