如何查询相关基因及其相关的全部信息

最新推荐文章于 2023-10-28 01:24:08 发布
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#生信小技能

博客介绍了两种基因信息检索途径。一是通过https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl ，在检索时输入感兴趣基因的缩写，可获取相关信息；二是通过pubmad中的基因检索，网址为https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 。

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【基因调控网络】基因调控网络及其模型
小哲的博客
11-30 1万+
基因调控网络及其模型概述基因调控网络模型布尔网络模型有向图模型线性组合模型加权矩阵模型互信息关联模型常微分方程模型基因调控机制基序和模块基因调控网络数据库 概述 基因调控网络是21世纪生物学研究的一个重要课题，其研究的主要内容有：①每个网络节点的功能；②基因网络结构；③复杂性层次上的动力学机制和行为；④在细胞和组织层次从基因到信号路径等各种问题。 近年来，科学家发现传统遗传学假说是错误的，逐渐重视研究遗传网络。对于大型遗传网络的全局模型来说，要想知道一个生物体的所有细节和准确建立对应的模型几乎是不可能的，更
16、探索基因组学与生物信息学的前沿：从序列分析到基因预测
最新发布
u5v6w7的博客
06-09 115
本文深入探讨了基因组学与生物信息学的前沿领域，从序列分析方法的历史与发展到RNA二级结构预测、基因预测及蛋白质结构预测等内容。同时，介绍了微阵列分析在基因表达谱研究中的应用，为揭示基因组奥秘提供了全面的技术视角。
如何使用NCBI查找已知基因的相关信息
aagk6406的博客
02-21 2900
原文来源链接：http://www.dxy.cn/bbs/topic/25111987 转载于:https://www.cnblogs.com/fangfang66/p/10411084.html
如何查找特定基因集合免疫基因集 炎症基因集
生信小博士的博客
10-28 2260
打开网址：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp。温故而知新，再次看下Msigdb数据库。给我们提供了一个查询基因集的地方。3.比如我对纤维化感兴趣，输入fibrosis，就可以看到相关基因集合。4.你可以在第二步点击brower试试！关注微信：生信小博士。2.点击search。
基因相关性
Merry2004的博客
03-11 1009
为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的DNA进行比对，以判断该比对的DNA是否具有相关性。 现比对两条长度相同的DNA序列。首先定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对，如果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例，如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的，否则不相关。
pubmed搜索基因的小技巧
robustness博客
06-21 9189
PubMed中搜一个基因比如“P53” 然后你会发现下面出现了一个基因的信息框，其中会显示出这些信息： 1）P53基因和功能相关的8770篇文献 2）NCBI的Gene数据库中的数据 3）不同物种的P53基因 点击到Gene的数据库的话，然后点击人类的P53，就进入了这样熟悉的Gene的界面。 当然，在这样的Gene的界面中，我们仍然可以找到PubMed。就在右侧的Related Information这一栏下面： PubMed、PubMed（GeneRIF）、PubMed（OMIM）和PubMed（
TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析
weixin_44445027的博客
03-27 1万+
TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析导读正文： 导读 今天有小伙伴问我，筛选完差异基因后，想看自己关注的基因和其他基因的关系，应该怎么做？那当然要先做一下相关性分析了！好，下面让我给大家娓娓道来… 正文： step1：我们先读取下所需要的数据 library(openxlsx)setwd("E:\\Bioinfo_analysis\\scripts\\corr\\corr_batch"...
基因注释相关的数据库
05-07
- **本体结构**：GO通过定义术语之间的关系构建了一个层次化的词汇表，这有助于用户更好地理解和查询基因功能信息。 - **本体类型**： - **分子功能本体** (Molecular Function, MF)：描述蛋白质或RNA等分子的具体...
如何通过KEGG数据库查询特定基因gltA在大肠杆菌中的代谢途径和相关的酶信息？
11-04
为了查询特定基因gltA在大肠杆菌中的代谢途径和相关的酶信息，你可以按照以下步骤操作：首先，访问KEGG数据库的官方网站，然后在首页的搜索框中输入基因gltA。为了获得更为精确的搜索结果，请选择对应的物种，即大肠...
如何利用KEGG数据库深入分析大肠杆菌中基因gltA相关的TCA循环代谢途径及其关键酶？
11-04
对于基因gltA在大肠杆菌中的TCA循环代谢途径及其相关酶的查询，可以遵循以下步骤进行深入分析： 参考资源链接：[KEGG数据库使用详解与实例教程](https://wenku.youkuaiyun.com/doc/5tyyznoykw?spm=1055.2569.3001.10343) ...
查看感兴趣基因的表达量及其相关关系
YJJ18636810884的博客
01-22 3150
问题来源： 探寻：NCR2 表达对GBM肿瘤芯片数据中cell-cycle 和 cytokines 通路基因的相关关系 通过KEGG.db 来下载KEGG相关通路的基因 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("KEG...
ncbi查找目的基因序列_NCBI gene: 基因相关信息查询
weixin_29821699的博客
01-03 7270
我们在进行基因相关研究的时候，如果要研究一个基因，那么首先要知道这个基因的一些基本信息，检索基因相关的网站还是很多的。其中比较出名的还是genecards。一个汇总的了很多数据库的的综合性基因查询网站。但是，这个网站只能检索和人相关的基因。其他物种的就不支持了。这次介绍的这个是ncbi旗下的gene数据库(对就是pubmed那个数据库，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ge...
如何查询一个基因和某一个通路的相关性？
leroylee7的博客
11-21 6709
前几天一个小伙伴问：怎么查看一个基因和某一个通路之间的相关性。这里就简单的提供一个可能的解决办法，供有相同需求的小伙伴参考。 这里我们就假设我们想要查看ACE2和Cell Cycle信号通路之间有没有关系。对于这样的目的，我们第一步肯定是要查询两者在之前的研究当中是否有关系。 1. 确定之前的研究结果 对于之前研究结果的确定的话，我们可以通过genecards来查询。genecards当中总结了这个基因应该参与哪些经典的通路。在genecards里面汇总了KEGG等多个通路数据库当中的...
AC日记——基因相关性 openjudge 1.7 03
weixin_33701294的博客
11-26 900
03:基因相关性 总时间限制:1000ms内存限制:65536kB描述 为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的DNA进行比对，以判断该比对的DNA是否具有相关性。 现比对两条长度相同的DNA序列。首先定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对，如果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例，如果该比例大于...
详解如何获取物种所有基因对应的GO注释
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庐州月光的博客
11-02 2万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》！ Gene Ontology是研究基因功能的重要数据库之一，在进行GO的富集分析时，需要提供所有基因对应的GO注释信息，本文介绍几种获取该信息的方式 1. 从GO官网进行下载 官网提供了几种常见物种对应的GO注释信息，文件格式为GAF, 下载链接为 http://www.geneontology.org/page/download-go-annotations...
批量NCBI基因组数据方法
神手大都督
05-08 2207
从网上下载单个文件 wget http://example.com/file.iso 下载一个文件，但以不同的名字存为本地文件 wget --output-document=filename.html example.com 下载一个文件，存到指定的目录 wget --directory-prefix=folder/subfolder example.com 恢复之前中断的一个wget下载 wg...
optionsbuilder.isconfigured 一直为false_做「容量预估」可没有true和false
weixin_39998541的博客
11-30 399
我是一个着迷于产品和运营的技术人，乐于跨界的终身学习者。欢迎关注我哟～每周五早6点 按时送达～我的第「85」篇原创敬上​随着20年来互联网的蓬勃发展，一个软件系统所要面对的访问压力上限被逐渐提高。虽然如此，但是那些体量达到亿级或者是千万级的产品也只是少数公司的专属。对于整个行业里百万+的程序员群体来说，估计也就只有10%人有机会接触到这些“大系统”。所以，一提到容量预估，大家可能第一时间想到的是，...
癌症高发区
weixin_34308389的博客
05-17 106
如何获取一个基因家族的所有小麦基因
xxxxx
08-03 1万+
如何获取一个基因家族的所有小麦基因昨天有同学问我如何获得谷子中一个基因家族的所有基因。谷子已经测过序，获得起来还是比较简单。想要获得一个基因组家族的所有基因，方法很多。比方说，IWGSCv1.0的基因功能注释文件里就可以直接搜索相关关键词或者蛋白domain的ID等获取。结合基因家族序列特点，合理选择获取方法。有的基因家族成员之间保守性不好，可能官方给的注释里边不是全。下面说一下如何在线获取基于TG
利用KEGG的API获取基因对应的pathway 信息
weixin_34112900的博客
05-12 2477
KEGG 官网提供了API, 可以方便的访问KEGG 数据库中的内容，链接如下： http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一个基因参与的pathway 信息， 以human 为例； 1） 第一步，获取每条pathway具体的描述信息 对应的API为 ： http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa 内容如下...
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