<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[YHJX57的博客]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; YHJX57]]></copyright><item><title><![CDATA[COMSOL Multiphysics 5.6新功能介绍]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/129178609</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/129178609</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Thu, 23 Feb 2023 11:55:38 +0800</pubDate><description><![CDATA[在COMSOL Multiphysics中集成的Application Builder中提供了新的应用程序模板，这些模板提供了标准化的布局，包括输入字段、按钮、功能区选项卡和图形窗口，以及用于桌面、平板电脑和智能手机布局的选项。结构力学模块，声学模块和MEMS模块中提供了新的机械端口条件，在具有超声弹性波传播的应用中，例如超声传感和无损评估，可以更轻松地分析振动路径和机械反馈。致力于改善房间和音乐厅声音质量的工程师将欣赏“声学模块”中提供的新的房间声学指标，包括基于射线声学模拟的混响时间，清晰度和清晰度。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[硅光电子器件模拟:“RSoft光电器件设计仿真技术与应用”]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/126928417</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/126928417</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Mon, 19 Sep 2022 10:25:12 +0800</pubDate><description><![CDATA[RSoft光子器件工具包括业界最广泛的模拟器和优化器，一款非常优秀的设计仿真软件，能够帮助用户轻松的设计光学元件、纳米级光学结构，同时也可以模拟无源或有源的光电子器等。在使用过程中常常需要仿真一个耦合器，以此来更好的解决实际中可能发生的情况，从而确保耦合器的正确性和稳定性。光纤光栅结构、太阳能电池光学模拟	5、Diffractmode模块、Gratingmode模块学习（结合beamprop进行讲解，并以不同专业方向为例，让学员更系统理解模块之间的关联，以便更能灵活应用）其他学员感兴趣相关器件计算分析。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[FDTD仿真实例直播合集]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/126727592</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/126727592</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Tue, 06 Sep 2022 16:16:35 +0800</pubDate><description><![CDATA[2022年10月22日-10月23日     在线直播
2022年10月29日-10月30日     在线直播]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[COMSOL:案列应用实操教学---光电]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/126629366</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/126629366</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Wed, 31 Aug 2022 18:14:55 +0800</pubDate><description><![CDATA[COMSOL多物理场/FDTD时域有限差分/RSoft光电器件设计]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[【看四天，复合材料20个案例如何带你玩转ABAQUS！】]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/125785425</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/125785425</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Thu, 14 Jul 2022 15:27:32 +0800</pubDate><description><![CDATA[【ABAQUS复合材料建模技术与应用】：
时间安排： 2022年08月13日——08月14日
2022年08月20日——08月21日
]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[PFC颗粒6.0软件模拟---工程案例]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/125065794</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/125065794</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Tue, 31 May 2022 14:58:54 +0800</pubDate><description><![CDATA[2022年06月18日——06月19日
2022年06月25日——06月26日  【共四天】
①、该专题详细介绍PFC软件的计算控制、离散元数值试样的生成方法、接触模型选择、参数标定、模型边界条件施加方法、PFC3D与FLAC3D耦合、离散—连续耦合模拟分析、PFC与CFD耦合、流固耦合框架等多个知识点。
②、涵盖多个工程实例模拟分析
（常规三轴剪切试验、真三轴剪切模拟、不排水三轴剪切模拟、循环三轴剪切的模拟、颗粒破碎过程模拟、岩石胶结颗粒材料的剪切过程模拟、离散元模拟与弹塑性本构模型、活动门试验、盾构隧道]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[分子动力学模拟入门理论----lammps]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/123842611</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/123842611</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Wed, 30 Mar 2022 11:47:10 +0800</pubDate><description><![CDATA[分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中实现这些功能的命令
系综理论、主要算法介绍、单位制
积分步长的选取、温度和压力控制、
周期性边界条件
力场简介
分子动力学模拟流程
1  LAMMPS的基础入门——初识LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？
1.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用
1.2 in文件结构格式
1.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令
1.4 data文件格式
1.5 LAMMPS常见错误解决途径
实例操作：
运行并理解跟自己科研方向]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[蛋白结构分析实操教程]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122957958</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122957958</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Wed, 16 Feb 2022 10:29:46 +0800</pubDate><description><![CDATA[Pymol 软件介绍





1.1 软件安装及初始设置


1.2 基本知识介绍（如氢键等）


2.Pymol 软件使用


2.1 蛋白小分子相互作用图解


2.2 蛋白蛋白相互作用图解


2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示


2.4 蛋白及小分子结构叠加及比对


2.5 绘相互作用力


2.6 Pymol 动画制作


3.实例讲解与练习：.


（1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图


（2）制作结合口袋表面图


（3）Bcr/Abl 靶点的..]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[学习药物设计入门案例---分子对接（Autodock）]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122957751</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122957751</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Wed, 16 Feb 2022 10:21:06 +0800</pubDate><description><![CDATA[1.从file里面读取大分子受体蛋白4zau.pdb，在edit里面加氢，去水，计算电荷，设置原子类型ASSIGN AD4,去水，最后保存为PDBQT的格式。

1.PDBQT的格式。
2.从ligand里面open小分子配体azd9291.pdb.弹出提示框

点击确定。然后在ligand里面choose该配体。
接下来判定配体的root。ADT菜单栏：Ligand-&gt;Torsion Tree-&gt;Detect Root，选择配体可扭转的键。Ligand-&gt;Torsion Tree-&gt]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[基于COMSO仿真软件的阵列感应测井偏心响应计算方法]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122918047</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122918047</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Mon, 14 Feb 2022 09:33:11 +0800</pubDate><description><![CDATA[引言
阵列感应测井是重要的电阻率测井方法之一，其优点是分辨率高、对侵入反映明显、探测深度深、测量信息丰富。   由于阵列感应测井仪有多个提供高分辨率的短子阵列，仪器偏心严重影响测量结果，尤其是大井眼和低电阻率泥浆情形，导致后续信号合成处理出错，产生错误的解释结论，因此必须进行偏心影响校正。
1、井眼模型建立、网格剖分和求解器选取
1.1建立偏心模型阵列 感应测井仪MIT的偏心模型见图1。
地层由井眼和地层组成，带有偏心块的仪器轴心偏离井眼中心。建模时井眼和地层是等高的圆柱，根据趋肤效应计算地层的大小，由电磁]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[GMX 命令分类列表]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122534332</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122534332</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Mon, 17 Jan 2022 10:16:47 +0800</pubDate><description><![CDATA[建模和计算操作命令：
1.1	.	 创建拓扑与坐标文件
gmx	editconf	- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups)	
gmx	protonate	- 结构质子化
gmx	x2top	- 根据坐标生成原始拓扑文件
gmx	solvate - 体系溶剂化
gmx	insert-molecules	- 将分子插入已有空位
gmx	genconf	- 增加”随机”取向的构象
gmx	genion - 在能量有利位置加入单原子离子
gmx	genrestr	- 生成索引组的位置限制或距离限制
gm.]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[人工智能药物研发]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122296800</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122296800</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Tue, 04 Jan 2022 09:48:17 +0800</pubDate><description><![CDATA[过去几年里，以人工智能为代表的新技术的引入，通过利用自然语言处理、深度学习、机器学习和图像识别等对传统的计算机辅助药物设计带来显著的效率提升，并极大地增加了研发成功的可能性。目前，我国AI药物研发主要应用在药物发现阶段，其中，靶点发现、先导化合物研究和化合物筛选、化合物合成是AI+药物研发最热门的领域，按照应用场景的发展速度来看，未来药物发现、合成或将成自动化程度最高的方向。但是AI药物研发也面临着急需要解决的问题，AI药物研发兼具信息科技和医药双重属性，需要AI的人才也需要懂药物研发的人才，需要培养一批具]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[PyBioMed--结构预处理和数据预处理，KNIME软件和类药性和ADMET评价实践]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122194069</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/122194069</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Tue, 28 Dec 2021 15:16:53 +0800</pubDate><description><![CDATA[人工智能药物设计技术与应用
分子表征及特征提取

分子描述符和分子指纹
1.1 分子描述符和分子指纹概念
1.2 分子描述符类别和特点
1.3 分子指纹的类别和特点
分子描述符/指纹计算软件
2.1 分子表示方法和格式
2.1.1 SMILES，SMARTS，SDF, MOL, MOL2, PDB
2.1.2 JEM Editor, Chemdoodle, ChemAxon, ChemDraw, DrugBank
2.2 RDKit简介及环境部署
2.3 RDKit中如何操作分子
2.4 RDKit中描述符]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[CADD计算机辅助药物设计技术——Pymol、 ChemDraw、]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/121760908</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/121760908</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Tue, 07 Dec 2021 09:05:21 +0800</pubDate><description><![CDATA[近年来，计算机辅助药物设计（Computer-Aided Drug Design，CADD）方法在药物研发中不断崭露头角，如已批准上市的卡托普利、沙奎那韦、利托那韦和茚地那韦等，其早期研究大大受益于CADD方法。CADD已成为药物研发流程中不可或缺的一部分。
基于结构的CADD计算方法通过解决两个主要任务来支持苗头化合物的发现和结构优化：1、预测小分子与蛋白质靶标结合；2、计算结合亲和力。本文首先回顾了分子对接，然后概述了高通量分子对接虚拟筛选。最后，讨论了分子动力学（Molecular Dynamics，]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[COMSOL光学仿真专题案例展示]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/114579110</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/114579110</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Tue, 09 Mar 2021 11:43:11 +0800</pubDate><description><![CDATA[要想做好仿真，必要的理论知识是必不可少的。面对一个课题或者项目，你必须明白其中涉及的物理场，以及描述这些物理场的数学方程，相关的约束（或者说边界条件），材料属性，根据理论能否预测出大概的趋势，是否能够推测哪些因素会影响模型的收敛性。有了以上这些分析做基础，你才能正确使用软件，选择合适的建模步骤，包括物理场接口、材料属性、边界条件、网格、求解、后处理分析等。
如果希望进一步加强使用技能，可以考虑参加培训课程。
我们可以通过学习与自己模型相关的案例来进一步加强我们的仿真技能。
下面是我们近期不错的案例仿真
1、]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[针对COMSO；5.6版本新增功能摘要。望帮助大家更加清晰的认识]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/113970778</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/YHJX57/article/details/113970778</guid><author>YHJX57</author><pubDate>Tue, 23 Feb 2021 09:19:18 +0800</pubDate><description><![CDATA[COMSOL Multiphysics® 5.6 版本主要新增功能
COMSOL Multiphysics® 5.6 版本为多核和集群计算提供了速度更快、内存效率更高的求解器，更高效的 CAD 装配处理功能，仿真 App 布局模板，以及一系列新的图形特征，包括剪裁平面、逼真的材料渲染功能和部分透明效果。四款新产品进一步扩展了 COMSOL Multiphysics® 软件的建模功能：“燃料电池和电解槽模块”为工程师提供了最先进的燃料电池和电解槽建模仿真工具；“聚合物流动模块”可以用来设计和优化涉及非牛顿流体]]></description><category></category></item></channel></rss>