Linux下载ncbi的SRA文件

最新推荐文章于 2024-06-20 15:32:34 发布
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#linux #ncbi #生物信息学

本文将指导你如何从NCBI下载SRA生物序列数据，并介绍SRA文件的基础知识，带你了解其在科研中的角色。通过三种下载方法，帮助你顺利获取和解析这些数据。
SRA数据库及linux本地下载
Christina
08-26 1万+
一、SRA数据库 SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类： Studies-- 研究课题 Experiments-- 实验设计 Runs-- 测序结果集 Samples-- 样品信
linux下载sra数据库,NCBI-SRA数据下载的3种方法
weixin_42472941的博客
05-03 2037
SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。方法一：SRA　Tookit下载SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件，我们需要下...
linux下载NCBI基因组数据
k7586556的博客
10-12 2135
fastq-dump --gzip --split-3 SRR25474921.sra，#使用fastq-dump将sra转换为fastq格式，--split-3 参数可以把双端测序的reads提取出来，左端标示为*_1.fastq；右端标示为*_2.fastq。安装之后转到NCBI网页搜索需要的数据或者到SRA数据中查找，我下载的是SRA数据库中的SRR25474921（SRA中是原始测序数据）prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt #下载多个SRA文件。
如何linux下载sra数据,下载sra数据
weixin_35785186的博客
05-14 2425
今天又要开始摸鱼了。记录下下载sra数据的历程。曲折啊。下载sra files的目的是为了获得相应的fastq或sam files，进而进行分析。第1选择 -- Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全注意：Aspera>Sratools>ftp下载...
在linux系统下怎么下载sra数据,NCBI sra数据下载软件安装
weixin_42176612的博客
05-12 760
引用网址：1.SRA Toolkit 的安装cd /opt/wget ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gztar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gzmv sra.. sratoolkitcd sratoolkot#...
NCBI SRA数据库使用详解
05-02
4. **提交数据**：点击批次下的 `submit data` 按钮，下载离线提交标识文件（subdesc.bch），然后根据SRA的数据格式标准处理生成的数据文件，连同标识文件一起上传至服务器指定目录。 5. **文件要求**：一个完整的...
批量下载sra文件linux,Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法
weixin_35329035的博客
04-29 1239
Minus_yao 2018.04.25 yaoguocai_cool@163.com#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具sratoolkit，下载到本地服务器上Wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.0/sratoolkit.2.9.0-cent...
linux下载sra数据库,NCBI SRA数据库使用详解
weixin_39638929的博客
05-03 784
做为一个合格的生物信息菜鸟，没钱测序咋整，免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始！今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。1、简介SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外...
【NCBI】SRA toolkit安装及使用-Windows&Linux版本
最新发布
weixin_48076899的博客
06-20 1万+
由于市面上的文章介绍SRA toolkit基本上都是基于Linux，而在windows下运行SRA toolkit基本上可以达到相同的效果且更为方便，故本文将分别阐明在Windows和Linux环境下SRA toolkit的安装及使用。
下载SRA文件
weixin_34146410的博客
11-15 576
sratoolkit.2.6.2-centos_linux64/bin/prefetch  下载SRA文件 fastq-dump    --split-3    SRR2923014.sra    转成fq文件
linux 下载sra数据库,从ncbi下载sra数据的几种种方式
weixin_28968629的博客
05-05 535
为了加快速度先下载aspera并添加环境变量，具体看以前的内容下载sra toolkit加环境变量下载EDirect用yeast的几个数据说明1. 直接用run idprefetch SRR15536102. 写入文件下载echo SRR1553608 > sra.idsecho SRR1553605 >> sra.idsprefetch --option-file sra.id...
linux下载sra数据库,从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据
weixin_42102713的博客
05-03 555
用别人的数据，发自己的文章由于大多数杂志在文章发表前要求公开数据，所以随着测序文章的爆发，NCBI的SRA数据库当中积累了海量的测序数据。我们可以利用这些数据重新做数据挖掘，发表新的文章。官方下载方法不太稳要利用数据，首先得下载得到数据，虽然SRA数据库提供的SRA Toolkit 工具包里的prefetch可以下载，但是用这个方法下载数据需要经过复杂的设置，而且经常莫名奇妙的下不了，总的来说体验...
Linux系统中已知SRR号如何从NCBI上下载SRA数据到服务器中
weixin_52660253的博客
08-01 3215
高通量组学数据目前已经成为生物研究的重要板块，对于一些文章中出现的数据的挖掘尤其是人体数据的再利用也成为探究科学问题的重要前沿组成。通常情况下文章的高通量数据需要上传到NCBI的SRA（Sequence Read Archive）供大家下载学习，而我们也可以通过多种方法对数据进行下载再挖掘。如果仍然出现问题，请再次检查PATH设置是否正确，并确保在PATH中包含了sra-toolkit的bin目录。首先，我们在下面的网址中进入SRA Toolkit下载的官网。我们在NCBI上找到我们需要的数据的。
Linux里sra文件是什么,prefetch命令下载SRA文件
weixin_39856803的博客
05-11 672
除了利用ascp命令从NCBI下载SRA文件外，SRAtoolkit也提供了prefetch命令用于下载SRA文件。prefetch命令用法如下：Usage:prefetch [options] [...]Download SRA or dbGaP files and their dependenciesprefetch [options] [...]Check SRA file for mi...
aspera下载sra文件linux,SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法
weixin_39593247的博客
05-06 830
生信媛又强势加入了一位作者，wenhu,他的博客是 http://bioinfostar.com, 欢迎围观。这是个简短的教程，目的是介绍几种比较方便快捷的下载SRA、SAM及Fastq文件的方法。NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Informatio...
NCBI 数据下载
小猪打呼噜
04-12 1853
网上介绍的那几种直接下载NCBI数据的方法大都下载速度很慢，但是EBI (European Bioinformatics Institute) 下载很快，而且它的数据库和NCBI是共享的，所以我们可以直接从 EBI 下载。1 、 确定要下载的 SRA 编号；
<二代测序> 下载 NCBI sra 文件
自由 平等~忠诚 奉献
04-06 2万+
随着测序技术的不断提高，二代测序数据成指数增长。 NCBI提供了SRA数据库存储这些数据。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra为了方便更好的分析这些数据，NCBI提供了下载的命令行工具：sra-toolkit。包括以下命令： 官方文档： http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_do
SRA文件的下载（prefetch）和解压SRA文件（fastq-dump）
热门推荐
yearstime的博客
03-24 4万+
sra文件下载方式 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的，SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据，包括SRA主页和 E
下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）
weixin_43745169的博客
06-22 1万+
对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。 但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。 获取想要的data的SRR号 发表的文章后面都是......
NCBI SRA数据库操作指南：从查询到下载测序数据
- 解压文件：`tarxzvf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz` - 进入解压后的目录进行安装：`cd`到解压后的目录并执行相关命令进行安装。 通过以上步骤，用户能够有效地利用NCBI SRA数据库进行数据查询、...
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