人类基因统计信息

最新推荐文章于 2025-02-11 16:20:16 发布

Janton Wang

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分类专栏：生信分析文章标签：基因统计染色体分析全基因组

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/W_LAILAI/article/details/88353169

本文介绍了不同类型的非编码RNA，包括snoRNA、snRNA、rRNA、scRNA、TERC、small ncRNA（miRNA和siRNA）、lncRNA等，并提供了最新的人类miRNA基因和成熟miRNA数量统计，总数分别为3043个和2588个。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

以前的统计

项目	特征
基因组大小	$3.2×1093.2\times10^9$ bp
常染色质	92%
蛋白质编码序列	1.1%~1.4%
RNA编码序列	28%
内含子序列	2

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从Ensemble来源的基因注释信息抓取人类基因组上5号染色体的编码miRNA基因并统计数量

Zephyr_Hu的博客

05-23

1986

1.首先得到人类基因组注释文件并解压 wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.annotation.gtf.gz gunzip -f gencode.v29.annotation.gtf.gz 2.从中抓取出5号染色体的注释信息并新建一个注释文件 grep chr...

全基因组关联分析（GWAS）-统计方法与模型简介

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11-01

2308

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人类基因（human）

liankewei的博客

09-13

511

题目描述上了大学之后，小W和小Z一起报了一门三宝课，在实践课上遇到了一些问题。一条染色体上有nn对基因，每种基因都可以用一个数ai来表示，作为标号。现在，在其中一条染色单体上某基因发生了突变。此时染色体上有n−1对相同的基因和一对不同的基因。他们通过某种方法获得了这条染色体上的全部基因。现在他们想知道发生突变的基因的标号是什么。输入第一行一个数n ...

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01-08

6782

人类基因组参考基因组： GRCh38下载地址： ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_genome/ 使用以上数据的有： https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux/blob/master/ggd-recipe

人类DNA国标-中英对照表

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04-18

5221

中英对照表字段英文对应数据类型英文平均碱基对长度 AverageBasePairSize 碱基数据 BaseData 碱基数据类型 BaseDataType 碱基对长度 BasePairSize 碱基读出 BaseRead 碱基类型 BaseType ...

CRISPR最新：新CRISPR技术靶向更复杂的人类基因组代码

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02-26

381

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人类基因组版本：hg19和hg38

SN的博客

12-23

7000

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12-21

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02-11

563

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生信技能树-task1-人类基因组外显子区域长度

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目标：统计人类基因组外显子区域长度题目数据来源为：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt perl实现 open F,"CCDS.current.txt"; while(<F>){#一行一行读取数据 next if /^#/;#pass掉带#符号开头的行，即首行 chomp;#去掉末尾的换行符 @arr=split /\t/;#以制表符切割读取的每一行数据 next unles

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基因丰度计算使用soap将clean data比对到非冗余的核酸序列NonRundant.gene.nucl.fasta。根据soap比对结果，获得比对到某基因的read数。Soap比对工具的使用在之前的微信推送稿中介绍过，这里就不做说明。然后，基于read数获得基因的丰度值，计算方法如下： S1 S2 S3 ...

计算基因组外显子长度

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2075

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07-21

2320

要求实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。看看一些...

基因组统计分析：N50、Contig数量与长度指标

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