序列比对算法

Li的对齐代码使用字符列表进行输入和输出。我写了一个简单的包装器来接受字符串和输出字符串。

    来自 对齐 导入 Needleman，Hirschberg

    def  compare（str1，str2）：

        seq1 = list（str1）

        seq2 = list（str2）

        对于 算法 在 [ 的Needleman（），海森堡（）]：

            a，b = 算法。对齐（seq1，seq2）

            print（“”。join（a））

            print（“”。join（b））

            打印（）

代码插入垂直条以指示为对齐而添加的空格。这是在Finnegans Wake和模仿Finnegans Ewok的开头段落中使用Needleman-Wunsch算法的结果。

    ||| riverrun，过去的Ev | e | 和亚当'|||| s，

    mov | i | er | un，past || new和||||| hope，

    从swe | rv || e of shore |||| 弯曲的

    从s || tr | ike of |||||回到弯曲

    b ||| ay，带给我们一个共同体

    | jeday，带给我们一个共同体

    vic | u ||再循环回来

    |||卢卡斯的再循环回来了

    H | owth Ca || stle |||| 和E | nvi || r | ons。

    | fo |||||| rest || moon and | en || dor。||||

我在上一篇文章中提到我可以很容易地比较前四段，但是我在调​​整第五段时遇到了一些麻烦。每个版本的第五段开头非常相似：

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    Bygm | onster  | | 安| | 类似，的 的 

    Stutte | | r | | | | | | | ING  手，˚F | 重新| emen '| s

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    茂- RER，住 在 了 最广泛的 方式

    茂- RER，住 在 了 最广泛的 方式

    immarginable  在 他的 rushlit

    immarginable  在 他的 rushlit

    toofar - | | | 回来 的 宅院 前

    toofar |  -  之前回来 用于 消费