采用pydicom+gdcm读取压缩DICOM图像（如JPEG Lossless）

最新推荐文章于 2025-06-28 09:09:50 发布
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分类专栏： # Python 文章标签： 医疗图像 DICOM pydicom gdcm
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/TracelessLe/article/details/84619861
本文介绍如何使用pydicom处理压缩格式的DICOM医疗图像，特别是JPEGLossless类型。当遇到无法直接读取的情况时，通过安装gdcm库及其依赖Swig，实现对压缩图像的正确读取。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

简述：
在读取DICOM医疗图像时，如果不涉及到压缩格式，一般pydicom就能处理并得到pixel_array。
但有时我们会遇到有压缩格式的dcm图像，于是需要结合其他package来处理，打开pydicom官网（ https://pydicom.github.io/pydicom/stable/image_data_handlers.html ）可以看到，作者对处理不同压缩形式的dcm数据有不同推荐方式。
Supported Transfer Syntaxes
对于一张JPEG Lossless的dcm图像，tag中会标明：
JPEG Lossless
若试图直接用pydicm打开并读取pixel_array，则会报错：
before
安装gdcm后进行读取：
after
当然，也可以在上面加上一句import gdcm。

安装过程：
（1）先安装Swig（用于gdcm生成Python Wrapper），从Swig官网（ http://www.swig.org/download.html ）下载swig-3.0.12.tar.gz并安装。
（2）再安装GDCM，官网（ http://gdcm.sourceforge.net/ ）。
①下载gdcm_2.8.7.orig.tar.bz2。
②解压缩：tar -jxvf gdcm_2.8.7.orig.tar.bz2。
③mkdir gdcm-build
④cd gdcm-build/
⑤cmake ../gdcm-2.8.7 -DGDCM_BUILD_SHARED_LIBS=ON -DGDCM_WRAP_PYTHON=ON -DGDCM_DOCUMENTATION=OFF -DGDCM_BUILD_EXAMPLES=OFF -DGDCM_BUILD_TESTING=OFF
⑥make -j8
⑦sudo make install
⑧cd bin
⑨cp gdcm.py gdcmswig.py _gdcmswig.so /home/User/virtualenv-16.0.0/TestVE/lib/python2.7/site-packages
⑩测试：进入python交互界面，输入import gdcm
test
若不报错则说明安装成功。

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# -*- coding=utf-8 -*- import matplotlib.pyplot as plt import pydicom import pydicom.uid import sys import PIL.Image as Image # from PyQt5 import QtGui import os have_numpy = True try: import numpy except ImportError: have_numpy = False raise sys_is_little_endian = (sys.byteorder == 'little') NumpySupportedTransferSyntaxes = [ pydicom.uid.ExplicitVRLittleEndian, pydicom.uid.ImplicitVRLittleEndian, pydicom.uid.DeflatedExplicitVRLittleEndian, pydicom.uid.ExplicitVRBigEndian, ] # 支持的传输语法 def supports_transfer_syntax(dicom_dataset): """ Returns ------- bool True if this pixel data handler might support this transfer syntax. False to prevent any attempt to try to use this handler to decode the given transfer syntax """ return (dicom_dataset.file_meta.TransferSyntaxUID in NumpySupportedTransferSyntaxes) def needs_to_convert_to_RGB(dicom_dataset): return False def should_change_PhotometricInterpretation_to_RGB(dicom_dataset): return False # 加载Dicom图像数据 def get_pixeldata(dicom_dataset): """If NumPy is available, return an ndarray of the Pixel Data. Raises ------ TypeError If there is no Pixel Data or not a supported data type. ImportError If NumPy isn't found NotImplementedError if the transfer syntax is not supported AttributeError if the decoded amount of data does not match the expected amount Returns ------- numpy.ndarray The contents of the Pixel Data element (7FE0,0010) as an ndarray. """ if (dicom_dataset.file_meta.TransferSyntaxUID not in NumpySupportedTransferSyntaxes): raise NotImplementedError("Pixel Data is compressed in a " "format pydicom does not yet handle. " "Cannot return array. Pydicom might " "be able to convert the pixel data " 帮
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