R语言使用fs包的dir_ls函数列出指定文件夹下的所有文件和文件夹

最新推荐文章于 2025-11-22 18:53:13 发布
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本文介绍了R语言中fs包的dir_ls函数，详细讲解了如何使用该函数列出指定文件夹下的所有文件和文件夹，包括基本用法、参数配置以及示例代码，帮助读者更好地管理R语言中的文件系统。

R语言使用fs包的dir_ls函数列出指定文件夹下的所有文件和文件夹

在R语言中，使用fs包可以很方便地管理文件系统。其中，dir_ls函数是一个非常有用的函数，它可以列出指定文件夹下的所有文件和文件夹。本文将详细介绍如何使用dir_ls函数，并提供相应的源代码示例。

首先，我们需要安装并加载fs包。可以通过以下命令来完成：

install.packages("fs")
library(fs)

接下来，我们可以使用dir_ls函数来列出指定文件夹下的所有文件和文件夹。dir_ls函数可以接受一个参数作为目标文件夹的路径。例如，如果我们想列出当前工作目录下的所有文件和文件夹，可以使用以下代码：

dir_ls()

如果我们想列出其他文件夹下的所有文件和文件夹，可以将目标文件夹的路径作为参数传递给dir_ls函数。例如，如果我们想列出名为"data"的文件夹下的所有文件和文件夹，可以使用以下代码：

dir_ls("data")

此外，dir_ls函数还支持一些可选的参数，用于过滤要列出的文件和文件夹。以下是几个常用的可选参数示例：

  • pattern：通过正则表达式模式来过滤文件和文件夹。例如，如果我们只想列出以".txt"结尾的文件，可以使用以下代码：

    dir_ls(pattern
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在上面的代码中，我们首先使用dir_ls函数不带参数地调用，来列出当前工作目录下的所有文件和文件夹。然后，我们可以使用dir_ls函数并传入要列出的文件夹路径来获取该文件夹下的所有文件和文件夹。在R语言中，如果我们想要列出指定文件夹下的所有文件和文件夹，可以使用fs包中的dir_ls函数。通过以上的代码，我们可以方便地使用R语言的fs包中的dir_ls函数来列出指定文件夹下的所有文件和文件夹。dir_ls函数返回的结果是一个路径的列表，可以通过遍历该列表来获取每个文件和文件夹的路径。
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> create_spatial_seurat <- function(parent_dir) { + + # 获取所有样本文件夹路径 + sample_dirs <- dir_ls(parent_dir, type = "directory") + seurat_list <- list() + + for (sample_path in sample_dirs) { + # 提取样本名称 + sample_name <- path_file(sample_path) + + # 检查必要的文件是否存在 + h5_path <- path(sample_path, "filtered_feature_bc_matrix.h5") + spatial_dir <- path(sample_path, "spatial") + + if (!file_exists(h5_path) || !dir_exists(spatial_dir)) { + message(paste("跳过样本:", sample_name, "- 缺失必要文件")) + next + } + + # 创建Seurat对象 + seurat_obj <- Load10X_Spatial( + data.dir = sample_path, + filename = "filtered_feature_bc_matrix.h5", + assay = "Spatial", + slice = sample_name, # 使用样本名作为切片标识 + filter.matrix = TRUE + ) + + # 添加样本标识到元数据 + seurat_obj$sample_id <- sample_name + + # 存储到列表 + seurat_list[[sample_name]] <- seurat_obj + message(paste("成功加载:", sample_name)) + } + + return(seurat_list) + } > main_dir <- "D:/PDAC/GS/PDAC" > all_samples <- create_spatial_seurat(main_dir) 错误于dir_ls(parent_dir, type = "directory"): 没有"dir_ls"这个函数
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