go语言踩坑:data race导致的输出结果与预期结果不一致

一、第一个例子

package main

import (
	"fmt"
	"sync"
	"time"
)

type person struct {
	Name string `json:"Name,omitempty"`
	Age  int    `json:"Age,omitempty"`
}

type testStruct struct {
	student *person
}

func (ts *testStruct) testCronFunc() {
	for {
		fmt.Println(ts.student)
		time.Sleep(1 * time.Second)
	}
}

func main() {
	tempStruct := &testStruct{
		student: &person{
			Name: "xiaobai",
			Age:  90,
		},
	}
	go tempStruct.testCronFunc()
	time.Sleep(5 * time.Second)
	tempStruct.student = &person{
		Name: "xiaoming",
		Age:  18,
	}
	for {
	}
	
}

运行结果:

&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}

预期应该在第五秒开始输出&{xiaoming 18}

但是输出内容一直没有发生改变,很奇怪的问题,debug也没结论

二、第二个例子

package main

import (
	"fmt"
	"sync"
	"time"
)

type person struct {
	Name string `json:"Name,omitempty"`
	Age  int    `json:"Age,omitempty"`
}

type testStruct struct {
	student *person
}

func (ts *testStruct) testCronFunc() {
	for {
		fmt.Println(ts.student)
		time.Sleep(1 * time.Second)
	}
}

func main() {
	tempStruct := &testStruct{
		student: &person{
			Name: "xiaobai",
			Age:  90,
		},
	}
	go tempStruct.testCronFunc()
	time.Sleep(5 * time.Second)
	tempStruct.student = &person{
		Name: "xiaoming",
		Age:  18,
	}
  fmt.Println("sleep is over")
	for {
	}
	
}

输出:

&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}

与例子1比,仅仅加了一句print而已,输出结果就正常了,符合预期了,很奇怪,按理说print不会对结构体造成影响才对

三、分析

查看其汇编代码:

第一个例子:

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-vMBlNuAx-1673431384066)(/Users/lei/Library/Application Support/typora-user-images/image-20230111165615487.png)]

第二个例子:

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-kvLoVcf9-1673431384066)(/Users/lei/Library/Application Support/typora-user-images/image-20230111165453588.png)]

从上面不难发现,第一个例子中,

tempStruct.student = &person{
		Name: "xiaoming",
		Age:  18,
}

这行代码生成的汇编代码,仅仅创建了一个对象,没有将该对象move给tempStruct.student,也没有对new出来的object赋值;

第二个例子中生成的汇编代码,不仅创造了对象(0x00c0),而且还对其进行了赋值操作(0x00d4, 0x00d7),最后把该新object赋给了tempStruct.student(0x00ed),完全是按照我们go代码的逻辑来生成的!

至于为什么出现这种情况,因为代码里有两个线程,并发对tempStruct.student进行读写操作,且没加锁,因此造成了data race的问题,导致最终由编译器生成的代码逻辑是不确定的,因此需要对并发读写的数据段进行加锁;

三、第三个例子

package main

import (
	"fmt"
	"sync"
	"time"
)

type person struct {
	Name string `json:"Name,omitempty"`
	Age  int    `json:"Age,omitempty"`
}

type testStruct struct {
	student *person
	lock    sync.Mutex
}

func (ts *testStruct) testCronFunc() {
	for {
		ts.lock.Lock()
		fmt.Println(ts.student)
		ts.lock.Unlock()
		time.Sleep(1 * time.Second)
	}
}

func main() {
	tempStruct := &testStruct{
		student: &person{
			Name: "xiaobai",
			Age:  90,
		},
	}
	go tempStruct.testCronFunc()
	time.Sleep(5 * time.Second)
	tempStruct.lock.Lock()
	tempStruct.student = &person{
		Name: "xiaoming",
		Age:  18,
	}
	tempStruct.lock.Unlock()
	for {
	}
}

输出:

&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaobai 90}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}
&{xiaoming 18}

可以看到,输出结果已经正常了,并且生成的汇编代码也正常了;

总结

如果有同学进行更多的实现,会发现

(1)即使不加fmt.print,改为加time.sleep;

(2)或者把for{}换成time.sleep,或者换成select{}

都会出现正常输出的情况,

为什么??因为data race 导致的编译器行为异常,最终导致运行结果不可预测,就像这个问题一样,不知道为什么,且没有逻辑,没有规律,很难排查出问题所在;

参考:

  1. https://stackoverflow.com/questions/75066407/go-the-print-result-is-not-the-same-when-i-just-add-a-print-statement
  2. https://www.zhihu.com/question/434964023
  3. https://go.dev/ref/mem#tmp_2
  4. https://go.dev/doc/articles/race_detector
  5. https://gopl-zh.codeyu.com/ch5/ch5-06.html
  6. http://blog.luoyuanhang.com/2015/07/07/%E5%87%A0%E7%A7%8D%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%B1%87%E7%BC%96%E6%8C%87%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/
  7. https://developer.aliyun.com/article/889778
<think>好的,用户的问题是如何解决LAMMPS中data文件实际化学键连接数力场预期连接数一致的问题。首先,我需要回顾一下用户提供的引用内容。引用1详细介绍了LAMMPS的data文件结构,包括原子信息、键连接和力场参数。引用2提到能量最小化和热化过程的示例脚本。引用3则讨论了反应势reax/c的设置,允许键的断裂和生成。 用户的问题核心在于data文件中的实际化学键连接数力场预期符。这种一致通常会导致模拟过程中出现"bond missing"错误,导致模拟中断。根据引用3,LAMMPS默认允许键的断裂或生成,除非使用特定的反应势函数如reax/c。因此,需要检查的问题点可能包括data文件的键连接定义、力场参数设置以及是否使用了支持动态键的势函数。 首先,用户需要确认data文件中[Bonds]部分的实际键连接数是否力场参数匹配。例如,如果力场要求每个碳原子形成四个键,但data文件中某些碳原子只有三个键,就会导致一致。此时可能需要使用拓扑检查工具如VMD或Materials Studio检查结构文件,修正缺失或多余的键。 其次,引用3提到reax/c势函数可以处理键的动态变化,但用户的问题可能发生在初始结构阶段。因此,如果用户未使用反应势,而是传统力场,那么必须确保初始结构中的键连接正确。可能需要使用Open Babel等工具进行氢原子加全或结构优化,确保键的完整性。 另外,引用2中的能量最小化步骤可能有助于调整结构,减少键长异常。但若初始键连接数错误,能量最小化可能无法修正拓扑错误。因此,用户应在模拟前使用外部工具验证结构。 最后,用户可能需要检查力场参数文件中的键类型定义是否data文件中的原子类型匹配。例如,pair_coeff中的lj_epsilon和lj_sigma参数需要对应正确的原子类型,否则力场计算会出错。此外,使用LAMMPS的write_data命令重新输出data文件,可以检查系统识别的键连接数。 总结解决方案:1)使用外部工具检查并修正data文件的键连接;2)确保力场参数原子类型匹配;3)若使用传统力场,初始结构必须完整;4)如需要动态键,改用reax/c势函数。同时,用户应详细检查错误日志,定位缺失键的具体原子ID,针对性修正。 </think> 在LAMMPS模拟中,`data`文件中的实际化学键连接数力场预期一致是一个常见问题,可能导致`"bond missing"`或拓扑错误。以下是系统化的解决方法及步骤: --- ### **原因分析解决方案** #### 1. **检查并修正data文件拓扑结构** - **验证键连接数** 使用拓扑分析工具(如**VMD**、**OVITO**或**Materials Studio**)检查`data`文件的`[Bonds]`部分: - 确保键的数量(`N bonds`)实际列出的键条目数一致 - 核对每个原子的连接数是否符合化学规则(如碳原子4个键,氧原子2个键) - **示例修正**: 若力场要求某聚合物链的重复单元有2个键,但`data`文件中仅1个,需手动添加缺失的键: ```plaintext # 修正前 1 1 1 2 # 缺失键 # 修正后 1 1 1 2 2 1 2 3 # 添加键 ``` - **原子类型匹配** 确认`[Atoms]`部分的原子类型编号`[Bonds]`中的类型完全对应。例如: ```plaintext # Atoms段 1 1 1 0.0 2.3 1.5 0.0 # 类型1=碳 # Bonds段 1 1 1 2 # 类型1=碳-碳键 ``` #### 2. **力场参数适配** - **键类型定义** 在LAMMPS输入脚本中,确保`bond_style`和`bond_coeff`定义的键类型范围覆盖`data`文件中的所有键类型: ```lammps bond_style harmonic bond_coeff 1 500.0 1.53 # 类型1: 刚度500, 平衡长度1.53Å bond_coeff 2 400.0 1.43 # 类型2: 如碳-氧键 ``` **注意**:若`data`文件中有键类型`3`,但脚本未定义`bond_coeff 3`,将导致错误。 #### 3. **使用拓扑修复工具** - **自动加氢/键预测** 对完整的分子结构,可用**Open Babel**或**Avogadro**软件自动添加氢原子并生成正确键连接: ```bash obabel mymol.xyz -O output.data --gen3D # 生成3D结构并补全键 ``` - **LAMMPS内置检查** 运行前添加`check chemistry`命令验证拓扑一致性: ```lammps read_data initial.data check chemistry all warn # 输出拓扑警告而终止 ``` #### 4. **反应势函数处理动态键(高级)** 若模拟涉及键断裂/生成(如化学反应),需使用**ReaxFF**或**reax/c**势函数[^3]: ```lammps atom_style charge pair_style reax/c NULL pair_coeff * * ffield.reax C H O # 指定反应力场文件 ``` **注意**:ReaxFF允许动态键变化,但初始`data`文件仍需合理键连接。 #### 5. **分步调试日志分析** - 运行前添加`-screen`参数查看实时错误: ```bash mpirun -np 4 lmp -in run.in -screen log.txt ``` - 搜索日志中的`"Missing bond"`错误,定位问题原子ID: ```plaintext ERROR: Bond atoms 10 12 missing on proc 0 ``` --- ### **关键预防措施** - **数据生成流程**: 用**Packmol**构建初始结构 → **Gaussian**优化几何 → **Ambertools**生成力场参数 → 转换为LAMMPS `data`文件。 - **拓扑一致性检查**: 通过`write_data new.data`命令输出LAMMPS处理后的数据,对比原始文件差异。 --- **
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