[memo]Ubuntu install XML packages for R language

最新推荐文章于 2024-12-09 10:43:44 发布

原创最新推荐文章于 2024-12-09 10:43:44 发布 · 1.1k 阅读

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在Ubuntu上安装R语言的XML包时遇到问题，通过尝试使用`install.packages`、选择正确镜像、手动下载安装包、安装3rd party distribution（包括expat和libxml）以及解决依赖和环境问题，最终成功安装。关键步骤包括：安装`libxml2-dev`和`libxslt1-dev`，创建链接，以及使用`R CMD INSTALL`命令。

问题描述：

install.packages("XML") 安装失败问题整理

>library(XML)

Error in library(XML) : 不存在叫‘XML’这个名字的程辑包

尝试和解决方案：

1）用install.packages

> install.packages("XML")

... select a mirror in CRAN

...

In install.packages("XML") : 安装程序包‘XML’时退出狀態的值不是0

==>Mirror is incorrect!!!!

1.1) choose another mirror, do not stop until we get the right packages(本次是 XML_3.98-1.9.tar.gz)

1.2) sudo R CMD INSTALL XML_3.98-1.9.tar.gz 失败，以为是安装包出问题了，所以开始尝试手动方案 2）

2）直接到CRAN 上下载安装包

https://cran.r-project.org/web/packages/XML/index.html

同样是：XML_3.98-1.9.tar.gz

值得注意的是这个压缩包本身没有 libxml 需要下载并build 3rd party distribution解压缩后参考 XML/index.html 文件介绍

主要包括：

2.1）下载 3rd party distribution

expat: ftp://ftp.jclark.com/pub/xml/expat-1.2.tar.gz (注意index 给的link 似乎只包含windows 包expat.zip)

libxml: ftp://xmlsoft.org/libxml2/

2.2) 安装 libxml

XML_3.98-1.9 里定义了框架 GNUmakefile，把这些GNUmakefile 复制到3rd party distribution对应目录，直接make （参考index.html）

提示：

               gcc -DLIBXML_VERSION="\"1\"" -fpic -c HTMLparser.c
               In file included from HTMLparser.c:10:0:
   libxml.h:25:31: fatal error: libxml/xmlversion.h: 没有那个文件或目录
   compilation terminated.
               GNUmakefile:37: recipe for target 'HTMLparser.o' failed
               make: *** [HTMLparser.o] Error 1

检查HTMLparser.c: 是 #include <libxml/xmlversion.h> 尖括号include，环境变量或者include 问题

尝试直接用 sudo apt-get install libxml2-dev libxslt1-dev 安装看能否修复，结果发现

出错提示：

========================================================

pkg: 处理软件包 linux-image-extra-4.4.0-47-generic (--configure)时出错：
子进程已安装 post-installation 脚本返回错误状态 1
dpkg: 依赖关系问题使得 linux-image-generic 的配置工作不能继续：

马上用purge 清理了一下kernel image

再次，安装成功

sudo apt-get install libxml2-dev libxslt1-dev

不过这个时候libxml 下make 仍然报错，后来参考了 [1] 的方法建了一个link，再次make就没问题了。

现在apt-get install 方式和make source 都没问题了，依赖和环境问题解决。

2.3) 直接安装 packages

sudo R CMD INSTALL XML_3.98-1.9.tar.gz 通过。