多示例AI模型实现病理图像分类


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目录

概述

EPLA框架解读

数据预处理

词袋模型

PALHI模型

聚合

论文复现

数据集介绍

数据集处理

环境配置

运行步骤

模型特点与改进建议


 本文所有资源均可在该地址处获取。

概述

本文将基于多示例深度学习EPLA模型实现对乳腺癌数据集BreaKHis_v1的分类。EPLA模型是处理组织病理学图像的经典之作。EPLA模型是基于多示例学习来进行了,那么多示例学习模型对处理病理学图像具有天然的优势,因为多示例学习(Multiple Instance Learning 简称 MIL)是由监督型学习算法演变出的一种方法,定义“”为多个示例的集合,具有广泛的应用。学习者不是接收一组单独标记的实例,而是接收一组带标签的包,每个包拥有多个实例。在多实例二进制分类的简单情况下,如果包中的所有实例都是否定的,则可以将包标记为否定。另一方面,如果包中只要至少有一个是正面的,则包被标记为阳性。所以这与将组织病理学图像WSI就可以认为是一个包;而从WSI切分下来的patch就可以认为是一个个示例

EPLA框架解读

EPLA原文是用来预测结直肠癌微卫星不稳定性MSI的,但是在摘要部分明确说明了可以用来预测其他数据集,这也得益于多示例模型处理病理学图像的天然优势。下面就来看一下论文整体的框架结构图

数据预处理

在原文中拿到组织病理学图像WSI后,首先要对WSI中的肿瘤区域进行标注,然后进行切成小patch,这是因为:

聚焦关键区域:病理图像通常非常大,包含大量的背景信息(如正常组织、脂肪组织等),这些信息对肿瘤检测和分类没有帮助。通过对肿瘤区域进行标注,可以引导模型关注关键的病变区域,从而提高模型的训练效率和性能。
减小计算复杂度:病理学图像(特别是全切片图像,WSI)通常非常大,直接处理整张图像需要消耗大量的计算资源和内存。将大图像切片成小块(patch)不仅降低了计算的复杂性,还能有效利用现有的计算资源进行模型训练。
数据增强和多样性:通过将图像切成多个patch,可以大大增加可用于训练的数据量。这些patch代表了同一图像中的不同局部区域,能够让模型在学习时看到更多的变异性,提升模型的泛化能力。
平衡正负样本比例:在病理图像中,肿瘤区域通常占比较小。通过切片成patch并对肿瘤区域进行标注,能够更好地平衡肿瘤区域(正样本)和非肿瘤区域(负样本)的比例,防止模型过拟合于背景信息。
捕捉局部细节</

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