组学数据分析实操系列 | （五）蛋白互作网络分析（STRING + Cytoscape）

蛋白互作网络，即Protein–protein interaction(PPI) network，是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。因为蛋白间的相互作用关系复杂，每一个蛋白都是一个节点，多个蛋白间的相互作用连成线条就形成了网状结构，故称之为蛋白互作网络。

分析蛋白互作网络的目的是什么呢？主要有两点：一方面自然是帮助我们明确蛋白之间的相互作用关系，这一点对于一些IP-MS研究很重要；另一方面，我们还能筛选出一些处于蛋白互作网络上关键节点的蛋白，这对于生物标志物的筛选具有指导意义。

今天小谱将通过一个实例向大家展示蛋白互作网络是如何绘制的，为了达到类似文章中的较为美观的效果，我们需要用到STRING数据库和Cytoscape软件这两个工具。

分析的起点是一组蛋白（名称或者ID号），它们可以来源于我们蛋白IP-MS筛选出来的所有互作蛋白，也可以是我们差异分析所筛选出来的全部差异表达蛋白，通常50-300个蛋白可以获得较好的图形展示效果。

01  PPI信息获取

操作过程如图1所示：将待分析的蛋白列表（从Multiple proteins界面直接粘贴蛋白ID，也可以通过文件上传）导入STRING数据库（一个进行蛋白互作分析的专业数据库，网址为：https://cn.string-db.org/）。选择样品的物种来源，人源对应Homo sapiens，最后点击SEARCH。

图 1 STRING数据库搜索界面

搜索之后会转到一个总结界面（图2），这是对我们上一步导入的蛋白信息的一个反馈，这里要稍微注意一下它反馈的蛋白数目（如红框所示，如果数目对不上可能是出现了重名或匹配不上的情况）。点击CONTINUE，我们就能得到一个初步的蛋白互作网络（图3）。

图 2 输入蛋白条目总结

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