该博客探讨了单细胞转录组学中使用Monocle分析差异基因的方法。它基于广义加性模型（GAM），利用非参数函数如立方样条来建模基因表达水平，通过Tobit模型处理检测阈值。识别差异表达基因的关键步骤是卡方似然比检验。该方法对于理解细胞状态变化和基因调控具有重要意义。
参考内容
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-2599-6
monocles分析差异基因利用了一个广义加和模型：generalized addictive model (depending on smoothing functions)。
Y：the gene expression level
Xi：the predictor variable that expresses the cell categorical label
fi：nonparametric function, such as cubic splines or some other smoothing functions.
Y is modeled using Tobit model
Y* is a latent variable that corresponds to predictor x
λ is the detection threshold
For identifying DE genes, chi-square likelihood ratio test
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