<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[SHMILYRINGPULL的专栏]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; SHMILYRINGPULL]]></copyright><item><title><![CDATA[IGV web 工具部署]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/108336676</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/108336676</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Tue, 01 Sep 2020 11:15:35 +0800</pubDate><description><![CDATA[现在使用的查看bam文件的方式主要还是需要把bam文件下载到本地，导致下载花费时间较长，偶然间看到igv.js版本，可以把igv部署在web端访问，网上的资料有限，现总结如下，希望可以帮到有同样需求的人。

下载安装


###下载git文件
git clone git@github.com:igvteam/igv-webapp.git
####下载之后就是一个文件夹
cd ./igv-webapp
npm install
npm run build
###上面这两步需要先安装npm才能用，而且非常容易通不]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[SAM BAM 和 CRAM]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/107108838</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/107108838</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Mon, 06 Jul 2020 16:56:22 +0800</pubDate><description><![CDATA[处理NGS数据的生信人员每天都会接触各种数据格式，什么sam、bam、vcf、gvcf等，大家对sam和bam都听得比较多，可能对cram不熟悉，此篇博文梳理下三个以‘AM’ 结尾的文件，不会具体说明三个文件的具体格式，因为已经有很多博文讲到了，可自行百度google。


	SAM
	
	sam(Sequence Alignment Mapping) 序列比对映射，纯文本格式，所以直接用more命令或者其他查看文本的命令可以打开，基本格式就是下图这样



	BAM
	
	BAM文件是SAM文件的二进制格]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[python 字典和列表的读取速度问题]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/70308287</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/70308287</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Fri, 21 Apr 2017 09:50:07 +0800</pubDate><description><![CDATA[最近在进行基因组数据处理的时候，需要读取较大数据（2.7G）存入字典中，然后对被处理数据进行字典key值的匹配，在被处理文件中每次读取一行进行处理后查找是否在字典的keys中，以下两段代码的效率差别非常大：
第一段：
if(pos in fre_dist.keys()):
newvalue= fre_dist[pos]

第二段：
if(pos in 
fre_dist):
new]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[MutSigCV in cancer genome]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/41725679</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/41725679</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Fri, 05 Dec 2014 13:55:48 +0800</pubDate><description><![CDATA[最近研究突变数据的分析，可以用到软件MutSigCV（http://www.broadinstitute.org/cancer/cga/），根据博文Application of MutSigCV in cancer genome research
中的描客述进行安装，有几点需要注意，
1. Installation of MCRMatlab
Download appropriate vers]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[转录组数据饱和度评估方法]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/41644013</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/41644013</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Mon, 01 Dec 2014 10:25:09 +0800</pubDate><description><![CDATA[﻿﻿
转自:http://www.biodiscover.com/group/topic/655.html
基因表达分析里面，RNA-seq是现在转录组研究常用的技术了，但是通过二代测序获得数据后，在正式分析前我们通常需要做两件事情：其一是reads的饱和度分析，另一个是RNA-seq测序的数据与mRNA真实表达水平之间的一致性。另外，本来大家还讨论了关于基因组组装、宏基因组测序、以及非编码R]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[生存分析函数小结]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/17529637</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/17529637</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Tue, 24 Dec 2013 14:52:37 +0800</pubDate><description><![CDATA[本文引用地址：http://bbs.sciencenet.cn/blog-252888-719677.html 

生存分析(survival analysis)适合于处理时间－事件数据。例如中风病人从首次发病到两次复发，其中就涉及到时间和事件。此例中时间就是复发的时间间隔，事件就是是否复发。如果用普通的线性回归对复发时间进行分析，就需要去除那些没有复发的病人样本。如果用Logistic回归对]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[相关分析]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/17285877</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/17285877</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Thu, 12 Dec 2013 17:29:02 +0800</pubDate><description><![CDATA[转自：http://blog.youkuaiyun.com/dmwithr/article/details/17077455
1 相关分析简介


相关分析简介


现代自然科学研究, 经济检验, 企业管理等活动中普遍存在相互影响的关系

函数关系是严格的确定对应关系,相关关系-是一种不要求确定性对应, 具有一定随机性的关系
相关分析用来研究变量间相关关系

相关关系的种类


]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[NGS数据的质量评估和reads的处理]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/9225195</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/9225195</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Tue, 02 Jul 2013 15:08:14 +0800</pubDate><description><![CDATA[转自：http://www.hzaumycology.com/chenlianfu_blog/?p=1456

1. 基因组测序和转录测序的NGS数据处理策略

从测序公司拿到数据后，首先需要对数据进行预处理，主要分两步走：

1.1 QC(reads的质量控制)

Quality Control,即过滤低质量reads,低质量的reads有如下几种：
含有Primer/Adap]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Jmeter：图形界面压力测试工具]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/9151187</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/9151187</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Sat, 22 Jun 2013 15:54:21 +0800</pubDate><description><![CDATA[转自：Jmeter：图形界面压力测试工具



Jmeter是一款强大的图形界面压力测试工具，完全用Java写成，关于Jmeter的介绍，网上其实有不少的文章，我原本是不想再重复写类似文章的，但我发现有些很关键性的，在我们测试中一定会用到的一些设置或操作很少见到有文章写清楚的，比如有这样的一个常见问题：如何对一个网站的多个链接进行压力测试？因为通常情况下，我们要测试的不是一个链接，假如我们]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy)]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/9004313</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/9004313</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Sat, 01 Jun 2013 15:05:17 +0800</pubDate><description><![CDATA[软件简介:
　　CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 
　　序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 

主要功能：
　　你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；
　　你可以选择序列子集]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[系统进化树构建及数据分析的简介]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8965523</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8965523</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Thu, 23 May 2013 15:31:10 +0800</pubDate><description><![CDATA[本文引用地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-344534-352797.html 

1．涉及基本概念
例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”，等等。
2．关于构建进化树的方法的选择
例如，“用boostrap NJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[php 调用 linux 的一点问题]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8856438</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8856438</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Fri, 26 Apr 2013 21:13:12 +0800</pubDate><description><![CDATA[php 调用linux 的命令有很多介绍的文章，但是这里我也说的是关于php 调用linux 的 cd 命令中的问题，
在php 文件中，有时需要进入到其他目录，在linux 中很简单的命名就是cd  path ，但是在php  中，通过exec( "cd  path ") ； 实现不了功能，这个问题也是一样的 ，根据其中提到的chdir 命令，直接可以在php 中执行
<?php
chdir]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[linux 安装HTSeq]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8562353</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8562353</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Fri, 01 Feb 2013 11:23:09 +0800</pubDate><description><![CDATA[安装HTSeq并不是太难，按照HTSeq安装说明，关键是在我安装好后，导入的时候遇到的很多问题，整理如下：
命令：import  HTSeq 
在python 下导入HTSeq 出现如下问题：
File "numpy.pxd", line 154, in init HTSeq._HTSeq (src/_HTSeq.c:33259)


ValueError: numpy.ndarray]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Python环境变量PYTHONPATH设置和easy_install简单使用]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8560606</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8560606</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Thu, 31 Jan 2013 17:45:31 +0800</pubDate><description><![CDATA[1.把自己编写的python模块添加到PYTHONPATH上
要想让python解释器找到自己编写的模块，则该模块必须PYTHONPATH上，否则在导入该模块时会出现找不到该模块的错误，因此必须把所需要的模块的路径添加到PYTHONPATH（一般情况下是把lib/python2.6/site-packages添加到PYTHONPATH）。具体做法如下：
a. 假设所需要的python模块（或包]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Bioconductor简介]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8542607</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8542607</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Fri, 25 Jan 2013 16:16:25 +0800</pubDate><description><![CDATA[源：Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics，Genome Biology 2004, 5:R80
Bioconductor的产生是计算生物学及生物信息学（computational biology and bioinformatics， CBB）发展的产物，其目的是有]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[一个关于RNA-Seq分析方法的投票]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8541942</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8541942</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Fri, 25 Jan 2013 14:27:17 +0800</pubDate><description><![CDATA[原文在这儿
Q1. What do you prefer to align your reads to?
Most respondents align to the genome only (47.3%) , and this is closely followed by those who align to both genome and transcriptome (39.8%). Key]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[一个生物信息在线Manual网站]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8454571</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8454571</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Mon, 31 Dec 2012 10:57:31 +0800</pubDate><description><![CDATA[这是一个很不错的Manuals网站，主要针对生物信息学的研究人员，里面包括R、Bioconductor、NGS、EMBOSS、Linux等软件和系统的使用教程。如：

R Basics Manual

BioConductor Manual

NGS Analysis with R/Bioconductor

NGS Analysis with Galaxy and IGV]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[转录组分析工具tophat之完全手册]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8453144</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8453144</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Sun, 30 Dec 2012 17:23:09 +0800</pubDate><description><![CDATA[转载自：第20121105期集结号-转录组分析工具tophat之完全手册






TopHat是将RNA-Seq数据允许gap的回贴回参考基因组上！是转录组分析的必备工具之一！

此帖的内容涵盖了tophat的介绍，安装、使用、异常处理等，是tophat使用的完全手册!

1,介绍
转录组数据分析之tophat篇 http://seq.cn/1650-79
TopHa]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[linux下解压命令大全]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8439943</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8439943</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Wed, 26 Dec 2012 17:05:11 +0800</pubDate><description><![CDATA[转自:http://www.cnblogs.com/eoiioe/archive/2008/09/20/1294681.html

.tar 
解包：tar xvf FileName.tar
打包：tar cvf FileName.tar DirName
（注：tar是打包，不是压缩！）
———————————————
.gz
解压1：gunzip FileName.gz
解压2]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[假设性检验]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8289284</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/SHMILYRINGPULL/article/details/8289284</guid><author>SHMILYRINGPULL</author><pubDate>Thu, 13 Dec 2012 10:07:55 +0800</pubDate><description><![CDATA[决策与风险（统计推断与检验）





/*读书笔记，白话统计系列，力图用普通话讲述统计学的基本概念。这里的题目是“决策与风险”，讲的就是两类错误（type I and type II errors）。以下改编至维恩堡《数理统计初级教程》（常学将等译，太原：山西人民出版社，1986），英文名叫Statistics:
 An Intuitive Approach By George H]]></description><category></category></item></channel></rss>