折腾了好久，原来是这样............Blast

       做网站开发，要在网页中调用blast 命令，开始是在localhost (机子是win7 ),调用命令完全没问题，后来网站发布要上传到远程服务器（unix）上，结果怎么折腾就是不运行命令

        $tempFile = tempnam("/tmp", "MCK");
        $handle = fopen($tempFile , "w");
        fwrite($handle, $inputSeq);
        fclose($handle);
        exec("./blastall -p blastp -d Blast/SUMOdb -i $tempFile -e $eValue  -m 8",$array);

最后的exec 命令就是不运行，blast 命令有很多参数，开始我还以为是temp 临时文件没生成，后来，又用命令来读取文件的内容，但是的确还能读到，那就排除了后三个参数的错误，也就是只剩下前面的三个，p 参数也是肯定没问题的，那就只剩下第一个的balstall 命令，还有第三个的生成的库文件，那应该就是在不同的系统下的blastall 的可执行文件是不同的，然后就把blastall 换成在linux 下的可执行文件，以为这样就可以了，可是。。。。。。生成的库文件也是在不同系统下的是不同的，好吧，在linux 系统下再跑一下blast 的formatdb 程序，生成的三个库文件在传上去，这下终于OK 啦！！！