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RSS订阅原创 最大似然估计
最大似然估计 (Maximum likelihood estimation, MLE)是一种参数估计方法，用于从已知数据中估计模型参数。它的核心思想是：找到一组参数，使得观察到的数据最有可能出现*
2025-01-04 13:37:43
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原创 配置Jupyter Notebook并安装R内核
Jupyter Notebook 是一个强大的交互式计算工具，它允许您在同一个笔记本中使用不同的编程语言内核。本文档将指导您如何在 Jupyter Notebook 中创建新内核并在基础环境中更换内核。
2024-12-12 11:11:53
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原创 KL散度和交叉熵
KL散度 (Kullback-Leibler (KL) divergence) 是信息论中的一个重要概念，它可以用来衡量两个随机分布的差异，这篇文章会举一个例子用通俗易懂的方式来解释KL散度和与它密切联系的交叉熵 (cross-entropy) 概念
2024-12-09 12:07:49
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原创 一行代码下载原始测序数据——生信必备下载工具iSeq
在生物信息学分析中，从数据库（如 NCBI 或 ENA）下载原始测序数据（如 FASTQ 文件）是常见的第一步。然而，传统方式通常需要手动查询 SRA 号、安装复杂的工具、甚至编写冗长的脚本，这对入门用户和追求效率的研究者来说，都显得繁琐耗时。这篇文章为大家介绍一款高效、简洁的生信下载工具——iSeq。通过 iSeq，我们可以实现用“一行代码”快速下载原始测序数据，极大地提升工作效率！本文将重点介绍 iSeq 的功能特点及使用方法，帮助你轻松上手。
2024-12-07 19:40:27
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原创 COX比例风险模型
Cox 比例风险模型，也称为Cox回归模型，是一种广泛使用的统计技术，用于分析生存数据以及识别影响生存时间的因素。这种模型在医学研究中尤其常见，用于研究特定治疗、干预或其他风险因素对患者生存时间的影响。
2024-09-09 10:46:23
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原创 带有知识图谱的NLP模型
这些模型通过自监督学习，能够捕捉到字、词以及更大上下文的语义信息。虽然这些模型本身并不直接使用字典释义，但它们在预训练过程中学习到的语言表示往往包含丰富的语义信息。在中文NLP中，有研究尝试将字典解释、上下文句子等信息进行联合训练，以增强词语的语义理解。例如，可以通过扩展词向量的上下文窗口来包括字典释义，或者直接在词向量训练过程中加入字典释义的内容。类似于BERT和GPT的预训练模型，有一些研究致力于将知识库中的信息整合到模型中，使其在预训练过程中不仅仅依赖于纯文本数据，还能利用知识库中的丰富语义信息。
2024-09-09 10:36:38
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原创 SQL注入攻击的手段与防范
SQL注入攻击是一种常见的网络攻击，它利用应用程序中存在的安全漏洞，通过将恶意的SQL语句插入到应用程序的输入字段中，从而获得对数据库的非法访问。攻击者可以通过在应用程序的输入字段中插入特定的SQL代码，使得应用程序在处理输入时执行该代码。这种攻击可以导致应用程序执行恶意的SQL查询，从而获取敏感信息、更改、删除或添加数据库中的数据，甚至完全接管应用程序。
2023-05-16 09:56:50
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原创 Linux R包报错：version `GLIBCXX_3.4.29‘ not found
安装R包出现报错：unable to load shared object '/root/miniconda3/lib/R/library/Rcpp/libs/Rcpp.so': /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29' not found (required by /root/miniconda3/lib/R/library/Rcpp/libs/Rcpp.so)
2023-05-16 09:37:54
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原创 Python基础知识 第九章 类
本篇笔记面向没有任何Python基础的读者。笔记的主要内容和代码来源于《Python编程从入门到实践》，欢迎大家讨论和指出笔记中的问题。
2022-03-30 14:21:23
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原创 Python网络爬虫初学笔记 第一章：初见网络爬虫
本篇笔记适合于有一定Python基础，想快速上手实现简单爬虫的读者。本章的主要内容是网络链接的打开和安装、使用Beautiful库。笔记的主要内容和代码来源于《Python网络爬虫权威指南》（(美) 瑞安·米切尔著），欢迎大家讨论和指出笔记中的问题。
2022-03-28 17:56:48
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原创 Linux R shiny server 部署后报错：cannot open the connection
错误描述：在服务器上面部署了R的shiny app之后，部分页面显示“cannot open the connection”，根据这个错误提示搜索了一下，发现绝大部分问题是由于工作路径设置不正确导致的，但是这应当不是shiny app会出现的错误，于是查看了日志文件cd /var/log/shiny-server详细的错误信息是这样的：Warning in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : cannot open file 'DBA_tam
2022-01-10 15:52:25
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原创 Linux R包报错：cram/cram_io.c:61:10: fatal error: lzma.h: No such file or directory
错误信息操作系统：ubuntu 20.04 64位安装Rhtslib包的时候出现错误，错误信息：> BiocManager::install("Rhtslib")cram/cram_io.c:61:10: fatal error: lzma.h: No such file or directory 61 | #include <lzma.h> | ^~~~~~~~compilation terminated.make[1]: ***
2021-12-11 14:31:32
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原创 Linux R包安装报错: rjcommon.h:11:10: fatal error: jpeglib.h: No such file or directory
Linux R包安装报错: In file included from read.c:1:rjcommon.h:11:10: fatal error: jpeglib.h: No such file or directory 11 | #include <jpeglib.h> | ^~~~~~~~~~~compilation terminated.make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:168: read.o] Error 1ERRO
2021-12-11 14:02:10
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