SQL-SHELL中安装mimic-iii数据库报错无法获取文件CHARTEVENTS.csv

最新推荐文章于 2023-11-17 19:07:47 发布
最新推荐文章于 2023-11-17 19:07:47 发布
阅读量2.7k 收藏 11
点赞数 2
文章标签： 数据库
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Nicklu001/article/details/107323501
版权
在安装mimic-III数据库时，遇到无法获取CHARTEVENTS.csv的问题。由于该表数据量大，8GB内存的设备可能无法正常读取。解决方案是采用压缩包方式安装，需要7-zip并添加到环境变量，随后按照官方压缩包安装步骤进行。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

今天安装了mimic-III数据库，说一下过程中遇到的一些问题：

首先，mimic数据库的数据是需要申请的，这里默认已经下载了。

1、首先安装navicat，是一个很棒的数据库管理和操作工具，但是需要破解激活一下，参考的如下文章:

https://www.52pojie.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=1142909

2、安装postgresql，这里参照的是MIMIC-III中官网的链接中的步骤(把mimic的安装链接和postgresql的链接都放到这里)：

http://www.postgresql.org/download/windows/

https://mimic.physionet.org/tutorials/install-mimic-locally-windows/

3、因为我已经了有了数据库的数据(未压缩和已压缩的csv文件)，官网中两种安装步骤都有，安装需要的sql语句在mimic首页的github上都可以下载:

最低0.47元/天 解锁文章
陆陆陆�
关注
详述 CHARTEVENTS 检查记录表（十）
越努力 越幸运
04-18 1369
本文详细介绍了MIMIC-III中的CHARTEVENTS患者检查信息表。
mimiciii安装物化视图（ccs_diagnosis_table.sql解压gz文件失败）使用SQL Shell导入数据表
zhaoxia_iii的博客
04-16 798
mimiciii安装物化视图（ccs_diagnosis_table.sql解压gz文件失败）
MIMIC-III数据库申请完后如何使用（将数据导入postgresSQL，通过pgadmin4查看、管理及导出数据）
cxm0514的博客
11-17 3709
该文章讲解在MIMIC-III数据库申请完后使用方法，包括将数据导入postgresSQL以及通过pgadmin4查看、管理、导出数据。该方法也适用于MIMIC-IV数据库。
mimic数据库的安装
zfxgfcjhb的博客
07-20 2320
1.安装postgresql:https://www.postgresql.org/download/windows/ 2.打开psql控制台： 创建用户和数据库名称：create user mimic； create database mimic owner mimic; 连接到mimic数据库：\c mimic 创建模式：create schema mimiciii; 创建数据库中的表：\i E:/data...
PostgreSQL无法获取文件 XX.csv: Unkonw error 的状态
wang_xiaowang的博客
06-08 2526
出现的问题        根据MIMIC-III公共数据库使用专题四 ——数据库安装（上）和 如何将CSV数据文件载入到数据库中？MIMIC-III公共数据库使用专题五 ——数据库安装（下）进行操作时出现了因为csv数据文件过大，无法加载进内存而导入失败的情况。 就是这三个文件: 我的电脑运行内存配置： 解决办法：        确保你的电脑安装了7z或者gzip
【MIMICIII 数据库安装】踩坑记录+解决方案
Mocode的博客
05-25 6444
在安装MIMIC III数据库过程中踩到的坑与解决方案记录。
MIMIC-IV数据库介绍与使用说明
热门推荐
weixin_46523923的博客
12-17 2万+
MIMIC-IV一些基本逻辑各模块和table字段介绍官网及数据库下载网址 一些基本逻辑 病人定义： subject_id 每个患者有唯一的subject_id hadm_id 患者的每一次入院会有一个唯一的hadm_id transfer_id 患者每一次更换病房会有一个唯一的transfer_id stay_id 在相同类型病房内进行转移，则会更新一个transfer_id，但会有相同的stay_id，例如用ICU中的一个病房转移到另一个病房，则stay_id不变，transfer_id更新。 所有id
mysql与mimic安装_MIMICIII 数据库教程(4)——MIMIC数据库的安装 #丁香打卡#
weixin_42391580的博客
01-31 947
上一步我们进行到了安装PostgreSQL。这个安装会出现各种问题，从点开安装包，到安装结束，会弹出各种错误的窗口。做好心理准备，一定要耐心，有问题可以在楼下反馈，一起交流。那么这一期进行的就是——把6G的数据包安装好。需要用到的就是postgresql这个软件。这一篇懒得看的话，可以看我做的视频教程:↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑ ↑→ 安装postgresq...
mimicIII下载到postgresql
最新发布
03-25
首先，引用[1]提到用户可能有CSV文件，官网和GitHub有安装所需的SQL语句。引用[2]指出在PostgreSQL中需要设置mimiciii模式，并在启动psql时执行相关命令。引用[3]的数据集成步骤可能对数据清洗和关联有帮助。 首先...
python爬取电子病历_利用 BERT 模型解析电子病历
weixin_39914975的博客
12-11 1389
项目原始地址项目地址本项目改编自此 Github 项目，鸣谢作者。问题描述我们希望能从患者住院期间的临床记录来预测该患者未来30天内是否会再次入院，该预测可以辅助医生更好的选择治疗方案并对手术风险进行评估。在临床中治疗手段常见而预后情况难以控制管理的情况屡见不鲜。比如关节置换手术作为治疗老年骨性关节炎等疾病的最终方法在临床中取得了极大成功，但是与手术相关的并发症以及由此导致的再入院情况也并不少见。...
2020-03-19
qq_34817879的博客
03-19 234
mimic数据库 无法获取文件chartevents. csv 1、此文件被打开了 2、postgresql对应9.6版本，12版本有问题
sql server在导入csv格式数据时遇到的一些问题
qq_41829088的博客
09-26 3721
1.错误一： 正在执行 (错误) 消息 错误 0xc02020a1: 数据流任务 1: 数据转换失败。列“列 2”的数据转换返回状态值 4 和状态文本“文本被截断，或者一个或多个字符在目标代码页中没有匹配项。”。 (SQL Server 导入和导出向导) 错误 0xc020902a: 数据流任务 1: “源 - supplier_csv.输出[平面文件源输出].列[列 2]”由于发...
化学结构格式SDF的认识
DrugAI
09-04 1万+
第一行：一般作为分子名字，如 Levetiracetam 第二行：注释，ChemDraw06111413562D 第三行：一般是空行 第四行：是原子个数 键的个数等的起始行。 M END所在行结束原子个数 键的个数等信息。 属性1 属性1值 空行 属性2 属性2值 空行 (以四个美元符号结束一个分子的信息存储。) Levetiracetam ChemDraw0...
读取csv(excel类相关文件)常见bug，及解决办法统计
luluzsa的博客
05-29 2804
bug1: UnicodeDecodeError: ‘gbk’ codec can’t decode byte 0xb1 in position 5: illegal multibyte sequence 解决办法1： 上面报错的意思就是，默认以gbk的方式读取数据，但是文本数据是utf-8类型的，这是需要用到另一个参数encoding，也就是把它编码成与文本一样类型的格式，下面的代码encoding="utf-8"就是要修改的地方，如果不写编码格式，默认是encoding="gbk"的 #open(“.
Git命令配置学习笔记
DrugAI
02-21 1093
Git 笔记 Git是分布式版本控制系统 集中式VS分布式： 集中式版本控制系统，版本库集中存放在中央服务器，必须要联网才能工作,没有历史版本库。 分布式版本控制系统，版本控制系统没有“中央服务器”，每个人电脑上都是一个完整的版本库。 分布式系统优势：安全性更高，不需要联网，如果中央服务器故障，任何其他一个开发人员的本地都有最新的带有历史记录的版本库。 主要区别在于历史版本库的...
MIMIC III（windows安装MIMIC III数据库）
shaodongheng的博客
07-02 1万+
文章目录下载MIMIC-III临床数据库和代码安装PostgreSQL安装7-zip运行SQL Shell（psql）创建数据库以保存数据在数据库中创建表准备将数据加载到表中将数据加载到表中建立索引测试您的构建 官网：https://mimic.physionet.org/ 下载MIMIC-III临床数据库和代码 这里是数据库 数据库需要注册学习，才能下载。 下载的压缩包： 这里是代码 安装PostgreSQL PostgreSQL 运行整个安装过程。保留默认设置就行，但是请记下您的postgres密码，
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值