单细胞组学数据分析接触到的项目大都使用平面文件(rds,txt,tsv,csv,mtx)进行数据存储。有时候，我们会操作相当大的平面文件，而超大型的数据集如（一个包含约 100 万个细胞和约 3 万个基因的表达矩阵）在进行数据类型转换等处理的时候会遇到异常Error in asMethod(object) : Cholmod error ‘problem too large’，指的是其中 as.matrix()转换常规矩阵，导致内存溢出。这个问题意味着处理数据的维度超过as.matrix()方法支持的最大矩阵维度(2147483647(231−1))(2147483647 (2^{31}-1))(2147483647(2
R语言-超大型数据框与稀疏矩阵的切片-处理as.matrix方法的“problem too large”异常
这篇博客探讨了在R语言中处理超大型数据框和稀疏矩阵时遇到的'problem too large'异常。通过分块处理数据，可以有效地避免内存溢出问题。文章介绍了如何将超大型稀疏矩阵转换为数据框，反之亦然，并提供了相应的分块写入数据框的方法。
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