Part 1 :散点图+变量边缘分布图形
公众号原文点我,感谢支持
许多文章的散点图中,在散点图的周围还会有额外的单变量边缘分布统计图形(如下图)。前面几期我们介绍过,散点图主要反映的是两个变量之间的关系,而额外的边缘分布图则能直观反映每个变量的分布情况。本期就来介绍实现这类图形的常见方法。
示例:
Abundance of antibiotic resistance genes, intI1 gene and crAssphage in human fecal metagenomes.
[1]示例图中散点图的做法参见一起学画图:散点图(1)— 基础散点图 — R-ggplot2复现Nature文章散点图
Part 2 :图像与代码
方法一:ggExtra::ggMarginal() :在ggplot2散点图基础上快速添加
ggExtra包可以通过常规的install.packages(“ggExtra”)语句安装,相关参数见下:
ggMarginal (p, data, x, y,
type = c("density", "histogram", "boxplot", "violin", "densigram"),
margins = c("both", "x", "y"), size = 5,
..., xparams = list(), yparams = list(),
groupColour = FALSE,
groupFill = FALSE)
参数 | 作用 |
---|---|
p | ggplot2绘制的图像对象 |
data | 如果没有传入p的话,则可以使用此参数传入数据 |
x | 如果没有传入p的话,指定在data中用作x轴的数据 |
y | 如果没有传入p的话,指定在data中用作y轴的数据 |
type | 边缘分布图形类型:密度图density、直方图histogram、箱型图boxplot、小提琴图violin、密度直方图densigram |
margins | 指定添加哪个变量的分布图形:both/x/y,默认both |
size | 散点图 : 边缘图的比例。size=1即表示边缘分布图和主散点图一样大 |
fill | 指定边缘分布图形的填充颜色 |
color | 指定边缘分布图形的边界线条颜色 |
xparams | 指定x轴的分布图型的颜色 |
yparams | 指定y轴的分布图型的颜色 |
groupFill | 分布图的填充颜色按组别指定 |
groupColour | 分布图的边界线条颜色按组别指定 |
基础使用示例
#导入包
library(<