H&E染色的病理切片怎么读取
特点是:太大,每张600Mb~10Gb,一般软件打不开。
基于python开发,暂时想到3种打开方式:
#coding:utf-8
import openslide
import matplotlib.pyplot as plt
#image file
img_path = 'path/to/img/1.tif'
#method 1
slide1 = openslide.OpenSlide(img_path)
#method 2
slide2 = openslide.open_slide(img_path)
#method 3
slide3 = openslide.ImageSlide(img_path)
#size of the image
print(slide.level_dimensions[0])
输出:
(68046, 80933)
这张图的像素是(68046, 80933),用OpenSlide和open_slide打开没问题,但是用ImageSlide就内存溢出了。
打开之后,就可以看看openslide能够解析的图像信息了,以及实现图像切分等操作,具体可参见官网:https://openslide.org/api/python/
下面是部分我认为可能需要用到的操作(python3.6):
from openslide.deepzoom import DeepZoomGenerator
#图像扫描仪制造商
print(slide.detect_format(img_path))
#幻灯片的各种属性
print(slide.properties)
#下采样因子
downsamples = slide.level_downsamples
#图像大小(宽,高)
[w, h] = slide.level_dimensions[0]
print(w,h)
#得到原图的缩略图(206X400)
simg = slide.get_thumbnail((206,400))
#显示缩略图
plt.imshow(simg)
plt.show()