使用openslide-python对whole slide image（WSI）进行读取、显示和金字塔构建、生成tiles

最新推荐文章于 2025-05-13 17:42:46 发布

原创

最新推荐文章于 2025-05-13 17:42:46 发布 · 1.4w 阅读

73 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#openslide #histopathology

本文介绍如何使用Python的OpenSlide库处理大型H&E染色病理切片图像，包括图像的打开、信息解析、缩略图生成及深缩放生成等功能，适用于大尺寸医学图像的数据分析。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

H&E染色的病理切片怎么读取

特点是：太大，每张600Mb~10Gb，一般软件打不开。
基于python开发，暂时想到3种打开方式：


#coding:utf-8
import openslide
import matplotlib.pyplot as plt
#image file
img_path = 'path/to/img/1.tif'

#method 1
slide1 = openslide.OpenSlide(img_path)
#method 2
slide2 = openslide.open_slide(img_path)
#method 3
slide3 = openslide.ImageSlide(img_path)

#size of the image
print(slide.level_dimensions[0])

输出：

(68046, 80933)

这张图的像素是(68046, 80933)，用OpenSlide和open_slide打开没问题，但是用ImageSlide就内存溢出了。
打开之后，就可以看看openslide能够解析的图像信息了，以及实现图像切分等操作，具体可参见官网：https://openslide.org/api/python/
下面是部分我认为可能需要用到的操作（python3.6）：

from openslide.deepzoom import DeepZoomGenerator

#图像扫描仪制造商
print(slide.detect_format(img_path))

#幻灯片的各种属性
print(slide.properties)

#下采样因子
downsamples = slide.level_downsamples

#图像大小（宽，高）
[w, h] = slide.level_dimensions[0]
print(w,h)

#得到原图的缩略图（206X400）
simg = slide.get_thumbnail((206,400))
#显示缩略图
plt.imshow(simg)
plt.show()