高分思路！挑战5天蛋白组学分析 DAY1-5

Day 1！

做了很多孟德尔随机化相关的挑战，关注我们，跟着我们学习的人，都取得了不小的成绩，发表了属于自己的SCI。

随着孟德尔随机化投稿难度加大，简单的双样本目前除非有强创新性，否则很容易被拒稿，因此我们开始一些进阶版孟德尔挑战，提高大家论文接收率！今天开始新的挑战！医学生学起来，尤其是还没有文章的。

第1天：收集信息。

检索关键词：“(circulating proteome) AND (mendelian randomization)”,发文量、发表的杂志影响因子和分区都还不错,Journal of the American Society of Nephrology（Q1,10.3）,Communications Biology(Q1,5.2)，Ebiomedicine(Q1,9.7)仔细留意一下，把sort by调整成：publication date，说明循环血浆蛋白发文蓝海，有条件的师弟师妹还能作为实验或者申报课题的前期准备，都冲起来！

由于临床研究生时间紧迫，在有限的时间里阅读了大量的文献，却没有时间去学习和实践新的蓝海发文模块。现在跟着我的思路写起来吧！除了检索信息，我还下载了10+近期Meta的范文，先精读，今天挑战就算开始啦！

注释：挑战时间为非工作、考试/原定学习计划时间，所有步骤都是现想（大家可以模仿我的思路），非已有课题主打从0开始！

好了，第一天的挑战就这样愉快地结束了！明天我们将进入更加精彩的环节！敬请期待哦！

Day 2！

文章的初步检索让我倍感信心，我目前选择的疾病暂时没有人做过相关蛋白组学孟德尔分析（偷着笑了，嘻嘻），抓紧时间，准备开工！

工欲善其事、必先利其器，找了2篇顶刊文献进行观摩、学习，思路清晰，操作简单。文章不规范，拒稿两行泪，STROBE-MR声明是行业规范，必须要读！

STROBE-MR声明包括：“题目和摘要部分（条目1）”、“引言部分（条目2-3）”、“方法部分（条目4-9）”、“结果部分（条目10-13）”、“讨论部分（条目14-17）”和“其它信息（条目18-20）”六大部分。实际上就是指导规范的写文章。

注释：大家一起学起来、动起来，师弟师妹们可以多花些时间思考高分meta，明天我们进行跑代码咯！

Day 3！

每天留给自己静下心来去阅读文献，跑数据，整理数据，分析数据的时间屈指可数，一份整理好的文件，一个好用的代码是多么弥足珍贵，简直是我科研上的领路人～

今天的任务还是很重的，今日任务=获得蛋白组学分析所需要数据=下载数据+整理数据+跑代码。

Step1 使用文件编辑器处理我们的结局数据，将其整理成标准格式表头，需要一模一样（提供了好用的小工具）

Step2 运行内置代码→运行循环代码→设置工作路径→修改代码中的结局为我们的研究的结局（听起来是不是有种“傻瓜”操作既视感，跟着课前资料视频讲解一步步来，毫无难度～）

注释：在零基础写孟德尔分析文章之前，建议大家读10篇近期高分孟德尔分析文章，搞清楚整个操作流程，在通过STROBE-MR声明，一定要多次评估是否有人写过，特别是否在同一类型的文章的其中一个很小部分里面被写了。不然等于白干！

倒计时2天！！！！欢迎大家继续围观

Day 4来袭！

亲们，我们已经迈入挑战的第4天啦！感觉时间过得飞快，但成果也是满满的哦！今日任务清单大揭秘：

1数据出结果：循环代码的好处就是拿个开着电脑让它放着跑就好，其他不需要管，去忙自己的事情，我睡前开着电脑，睡醒代码已过半，今天继续放着跑，跑完有个汇总表格已经整理好了，我们就离成功更近一步啦！

2 筛选数据：准备好了数据，接下来就是进一步筛选符合要求的数据，本质上就是进阶版的双样本孟德尔，因此筛选标准大差不差，结果分析都呈现出非常棒的效果，每个蛋白的留一法图、森林图、散点图、漏斗图都已经跑出来了，现在对于数据的要求越来越高，我设定矫正P值需要小于0.05，简直是美滋滋啊！

3 筛选阳性蛋白进行PPI预测：把筛选的阳性蛋白进行PPI预测，放入网站几分钟出图，完美～

4 功能富集分析：对结果进行通路富集分析，看看有没有合适的通路。假如有实验条件的师弟师妹后面可以把这些作为自己的前期结果，进行湿实验验证一下，干湿结合，高分到手～

5 我还进行了根据自己的阳性蛋白进一步筛选进行了共定位分析，但是结果一般般，就不进行进一步展示～

6 高分范文模仿秀：拿出Day 3精读的2篇高分孟德尔分析文献，开始模仿写作啦！有了这些优秀范文做榜样，我们的写作也一定会越来越顺手的！

明天就是最后的冲刺啦！我们要一口气完成Introduction的写作，还要进行Abstract、文献引用、模板化写作等一系列收尾工作。然后就可以按照目标期刊的要求，投出我们的稿件啦！

只要我们流程清晰，步步为营，一定能顺利产出满意的分析结果的！第一篇成功了，第二篇、第N篇就都不在话下啦！大家一起加油冲刺吧！

近期有越来越多的小伙伴想要加入我们的学习大军啦！快来一起梳理流程、互相加油吧！我们在这里等你哦！一起向前冲吧！

第5天，圆满收官！

先来汇报一下今天的成果吧！我今天完成了Introduction部分的写作，添加了规范的引用（用的是Endnote20哦），还搞定了模块化部分的写作（包括伦理、致谢、利益冲突声明、作者贡献等），最后对整个文章进行了润色。看着自己的劳动成果，满满的成就感涌上心头！

 回顾一下这次挑战，其实一篇经典的孟德尔分析操作流程可以概括为以下几个步骤：

1 确定选题：这一步非常关键，需要初步检索相关文献，明确相关领域疾病，注意点是必须创新，尚未有人写过，筛选好目标疾病，选好精读的高分近期文章。

2 数据整理与分析：根据我们整理好的资料，跟着讲解视频一步步完成，提供的资料全面，讲解清晰，下载自己的目标疾病，根据提供的小工具进行整理为相应的格式，使用我们的提供的代码进行分析，设备不同网速不同，相应的跑完结果的时间也不同，所以不需要担心，让电脑一步步跑即可。

3阳性蛋白筛选与后续分析：根据要求筛选阳性蛋白，可以把条件严格一些。然后，根据分析结果整理图片，直观地展示研究结果。进一步进行PPI预测、通路富集分析及共定位分析（这步耗时较长）

4文章撰写：最后，就是根据STROBE-MR声明写作指导和范文来完成孟德尔分析的文章撰写了。这一步需要按照一定的结构和格式来组织内容，确保报告的完整性和可读性。

以上步骤就是一篇蛋白组学分析的基础流程啦！大家可以对照着我这几天分享的研究思路去完成自己的论文哦！相信只要按照这个流程来操作，一定能够顺利完成一篇高质量的孟德尔分析论文！

最后，我想说的是，这次挑战虽然结束了，但科研之路还很长。希望大家都能够保持对知识的热情和好奇心，不断探索和学习新的方法和技能。加油哦